Монастырь продолжал расширять земельные владения за счёт пожалований и покупок. Совершенствовалось делопроизводство, была заведена «Книга ключей». Под руководством Гурия продолжалась работа по переписке книг, в 1545 г. по указанию настоятеля была составлена опись монастырской библиотеки. Гурий был хорошо знаком с царём Иоанном IV Васильевичем (1548–1584 гг.), был его собеседником. В 1551 г. святой оставил должность игумена и жил в монастыре на покое (последний документ, где Гурий назван игуменом Волоколамского монастыря, датируется маем 1551 г., в декабре 1551 г. игуменом уже был Галактион). В 1554 г. Гурий стал игуменом Селижаровского Свято-Троицкого монастыря (согласно «Житию», по воле Иоанна IV). На Соборе в начале 1555 г. Гурий был избран архипастырем новоучреждённой Казанской епархии (скорее всего, по царскому указанию). «Житие» и летопись сообщают о том, что избрание Гурия из четырёх кандидатов совершилось по жребию. На Соборе было решено, что архиепископ Казанский и Свияжский по положению считается выше архиепископа Ростовского и равным архиепископу Новгородскому. Хиротония Гурия состоялась 7 февраля (по официальной летописи, 3 февраля) 1555 г. в московском Успенском соборе, её возглавил митрополит Московский и всея Руси Макарий (1542–1563 гг.), которому сослужили девять архиереев (всего в богослужении участвовали 76 священнослужителей). При хиротонии в соборе присутствовали Иоанн IV, его брат князь Юрий Васильевич, князь Владимир Андреевич и бывший казанский хан Симеон, Боярская дума, служилые князья, множество дворян, польский и молдавский посланники, старцы афонского Хиландарского монастыря. 26 мая 1555 г. Гурий вместе с архимандритами Варсонофием и Германом (Садыревым-Полевым) торжественно отбыл из Москвы. Царь и митрополит провожали его до Фроловских ворот Кремля, Сарский епископ Нифонт (Кормилицын) – «до судов», а бояре, архимандриты и игумены – до Симонова монастыря. По дороге Гурий остановился в Чебоксарах, где заложил Введенский собор (впоследствии в нём хранилась Владимирская икона Божьей Матери, которой Гурий благословил чебоксарцев), и в Свияжске, где основал свияжский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь. В Казань Гурий прибыл 28 (по другим данным, 31) июля, когда в крае ещё продолжались военные действия. Вскоре после приезда он добился выделения архиерейскому дому участка в восточной части кремля, где псковские мастера Постник Яковлев и Иван Ширяй возвели кафедральный Благовещенский собор (освящён в 1562 г.), рядом был построен архиерейский дом. В западной части кремля расположился казанский в честь Преображения Господня монастырь, архимандритом которого стал Варсонофий. В мае 1557 г., после завершения в крае военных действий, Гурий добился передачи архиерейскому дому значительного количества земель в Казанском и Свияжском уездах, запустевших во время войны.