Исследователям известно, что Наполеон вёл тайную переписку с Грубером, и Грубер вёл активную пронаполеоновскую политику в Петербурге. В июне 1799 г. он представил Павлу I просьбу, чтобы император обратился к папе Римскому по поводу формального признания существования Ордена иезуитов в пределах Российской империи, который в то время был распущен папой Римским, но орденские структуры всё же продолжали действовать на территории Российской империи. Как отмечал Грубер, признание иезуитского ордена на территории России способствовало бы притоку бывших членов ордена в Россию, где они были бы полезны в деле воспитания. Он призвал Павла I стать «восстановителем и ангелом-хранителем Общества Иисуса». В августе 1800 г. Павел I направил папе Римскому Пию VII (1800–1823 гг.) письмо с просьбой признать иезуитский Орден в России. Соответствующее бреве папы было издано в марте 1801 г. В нём папа признавал каноничность иезуитских структур в России и соглашался на то, чтобы генеральный викарий Общества Иисуса в России и его преемники носили титул «Генерал Ордена в России». После смерти Франциска Каре генералом был избран Габриэль Грубер. Между тем вопрос о признании Ордена папой Римским приобрёл важное международное значение наряду с мальтийским вопросом и усилиями Габриэля Грубера по воссоединению церквей. Как полагают исследователи, именно в целях упрощения создавшегося положения он вошёл в негласные отношения с Наполеоном. Павел I умер до полного решения намеченных вопросов, и бреве папы Римского о признании им русских иезуитов было опубликовано уже при императоре Александре I (1801–1825 гг.). Но при этом их привилегии были уменьшены, и иезуиты потеряли своё политическое значение, а Габриэль Грубер – свою связь с императорским двором. Император вернул Сестренцевича и сузил привилегии иезуитов. Их силы сосредоточились на проповеди католицизма (главным образом и с большим успехом в рядах петербургской знати, а затем по всей России и даже за её пределами). Стараниями Грубера были созданы иезуитские миссии в Саратове (1803 г.), Одессе (1804 г.) и Астрахани (1805 г.). В 1803 г. было восстановлено присутствие иезуитов в Риге. Грубер поддерживал связи со всеми бывшими членами иезуитского Ордена, привлекая их для миссии в Белоруссию, добился от папы Римского восстановления иезуитских структур в Неаполитанском королевстве со статусом филиала Общества Иисуса в Санкт-Петербурге. Годы пребывания Грубера в России отмечены распространением католических идей среди русской интеллигенции. Он добился почти полного слияния с иезуитами фиденцистов, восстановления иезуитов в Неаполе с приобщением их к ранее восстановленному обществу иезуитов в Петербурге и т.д. Политическое значение иезуитов отчасти воскресло во время русского посольства в Китай, но его неудача только ухудшила их положение. Габриэль Грубер погиб 7 апреля 1805 г. во время пожара в своей резиденции. Его гибель произошла буквально за две недели до заключения в Петербурге антинаполеоновского союза между Англией и Россией, поэтому его гибель не все считали «случайной». Преемником Грубера на посту Генерала ордена стал Тадеуш (Фаддей) Бжозовский (1814–1820 гг.).