Согласно естественному праву, и на войне не дозволены ложь, клятвопреступление по отношению к врагу. Гуго Гроций подробно анализировал степень дозволенности и ограничения убийств и насилия над личностью в отношении врагов на войне, уничтожения и грабежа их имущества. Ссылаясь на Священное Писание и античные источники, он обосновывал право на приобретение в собственность вещей, захваченных на войне, право на захват пленных, на верховную власть над побеждёнными; рассматривал статус неприкосновенности нейтральных в войне государств. Большое внимание Гуго Гроций уделял юридическому институту добросовестности (bona fides) в отношениях между врагами, при заключении мира или перемирия. В условиях продолжавшихся в Европе религиозных войн (сочинение «О праве войны и мира» писалось в разгар Тридцатилетней войны) Гуго Гроций стремился к примирению протестантов и католиков; призывал к соблюдению добросовестности вообще с целью сохранения надежды на мир, т.к., по его словам, на добросовестности, согласно Цицерону, «держится не только всякое государство, но и великое общение народов». На правовую и богословскую мысль Гуго Гроция оказала влияние богословская полемика внутри протестантизма по вопросу об искуплении и предопределении. В этой полемике он придерживался антикальвинистского взгляда на искупительную жертву Христа, утверждая, что Христос искупил всех людей, а не только избранных. В рамках учения, характерного для западного богословия, о заместительной жертве Христа, которая удовлетворила требованию Божьей справедливости, Гуго Гроций выдвинул так называемую теорию Божия правления, изложенную, в основном, в сочинении «Защита кафолической веры...». Один из основных принципов этой теории в отличие от теории удовлетворения заключается в отрицании абсолютной необходимости наказания грешника: наказание за грех является справедливым, но не обязательным. Грех требует наказания лишь постольку, поскольку это необходимо для единственной цели Божественного правления, заключающейся в обеспечении блага разумному творению Божьему. Когда эта цель достигнута, то одновременно удовлетворены честь Бога, закон и справедливость. Искупление совершено, чтобы осуществить эти задачи, т.е. оно необходимо для обеспечения интересов Божия правления. Но если есть другие средства для осуществления этих задач, искупление может быть отменено. Теоретическая необходимость искупления опирается на потребность в средстве, позволяющем простить грех без ущерба для авторитета Божия правления. Если это достигнуто, то наказание может быть отменено, и грехи отпущены. Эта идея (развитая Дж. Майли, Ч. Финни и др.) легла в основу арминианства и впоследствии методизма. В богословских работах и библейский комментариях Гуго Гроций стремился предложить исторически правильное, с его точки зрения, толкование Библии, стоящее над межконфессиональными спорами. В сочинении «Об истинности христианской религии» он призывал к достаточно широкой религиозной толерантности, поскольку вера в Бога засвидетельствована во все времена и в различных местах земли, однако подчёркивал превосходство христианской религии, обосновывая его исполнением во Христе древних пророчеств, совершаемыми Им чудесами и особенно Воскресением.