При перестройке в начале XII в. была защищена и главная святыня комплекса – погребальная скамья («лавица», как её называет игумен Даниил). Повреждения эпохи аль-Хакима закрыли каменными плитами. Горизонтальную поверхность погребальной скамьи скрыла порфировая плита с бортиками по бокам и полосой посередине (возможно, сохранилась до настоящего времени). Фасад «лавицы» прикрыли защитным экраном-трансенной с тремя сквозными круглыми отверстиями, через которые паломники могли прикасаться к святыне, не имея больше возможности, как указано в ряде источников, отколоть от неё часть. Трансенна с отверстиями стала символом Гроба Господня в Средневековье, её многочисленные повторения включались в оформление рак и усыпальниц, ставших шедеврами церковного искусства или предметами массового производства в Иерусалиме, в Европе и на Руси. Впервые об отверстиях упоминал игумен Даниил; ранние изображения трансенны встречаются на печатях крестоносцев (печать патриарха Иерусалима Вармонда, 1118/1119 – 1128 гг.); последний раз о них пишет Николай из Поджибонси (весна 1347 г.). Вероятно, отверстия исчезли в первой половине XV в., при переделке облицовки францисканцами, которые приспособили погребальную скамью для служения мессы (до этого, как и в настоящее время, пользовались переносным деревянным алтарём). Основной период оформления эдикулы крестоносцами приходится на 1160–1180 гг.: не позже 1170 г. над низким входом в погребальную камеру появились мозаики «Положение во гроб» и «Жёны-мироносицы», а стены внутри и снаружи украсили латинские надписи на часовне Ангела (на погребальной камере и в алтаре, против западного конца эдикулы, их было не менее 14). В середине XII в. византийский император Мануил I Комнин (1143–1180 гг.) покрыл погребальную скамью золотом. К 1187 г. эдикула превратилась в роскошный реликварий, однако уже осенью того же года серебряные пластины кровли пришлось снять, чтобы отчеканить из них монеты для рыцарей, защищавших город. 2 октября 1187 г. Иерусалим сдался султану Салах-ад-Дину (1138–1193 гг.). В течение трёх дней, до подтверждения права христиан на владение Гробом Господним, храм был закрыт, при нём оставались четыре сирийских священника. По договору 1192 г. все паломники-христиане могли посещать Иерусалим, поскольку Салах-ад-Дин, сохраняя за собой право управления св. местами, не желал, чтобы одной из церквей отдавали предпочтение. Он разрешил (по просьбе епископа Солсберийского Губерта) служить вместе с сирийцами двум латинским священникам «с таким же количеством дьяконов» и принимать приношения от паломников. Позднее Салах-ад-Дин отказал императору Исааку II Ангелу (1185–1195, 1203–1204 гг.) в просьбе передать контроль над Гробом Господним православной церкви. В начале XIII в. храм Гроба Господня стоял уже без лампад, Кувуклия была постоянно закрыта, и её открывали паломникам только за плату. Когда 17 марта 1229 г. король Германии Фридрих II Штауфен (1212–1250 гг.) вступил в Иерусалим по договору с султаном аль-Камилем (1218–1238 гг.), он не нашёл в храме ни одного священника, чтобы отслужить мессу. Крестоносцы удерживали город до 1244 г., затем его взяли тюрки. Они вошли в храм Гроба Господня, вскрыли гробницы королей, перебили христиан, искавших убежища в Кувуклии, и священников, служивших у алтарей. Были сняты плиты мраморной облицовки и резные колонны.