Облик раннего оформления Гроба Господня донесли описания паломников и многочисленные изображения на евлогиях сиро-палестинского происхождения, встречаемые на широком круге изделий. Первоначальное оформление Гроба Господня во многом повлияло на христианскую иконографию и архитектуру, его продолжали воспроизводить и после того, как Кувуклия этого периода перестала существовать. В 1009 г. фатимидский халиф аль-Хаким (996–1021 гг.) приказал разрушить храм Воскресения Христова. Значительная часть храма была разобрана и больше не восстанавливалась, особенно пострадал Гроб Господень. Однако полностью снести его не удалось. Внешняя стена ротонды Воскресения Христова устояла до внутренних и внешних карнизов почти по всему кольцу, а кладка перекрытий, обрушившись в храм, сохранила нижние части его стен и Гроба Господня (особенно западную половину и погребальную скамью). Бенедиктинский хронист Радульф Глабер (XI в.) сообщает, что подручные аль-Хакима применяли железные молоты, но не смогли разломать гробницу; хронист Адемар Шабанский (начало XI в.) приводит свидетельство Рауля де Куэ, епископа Перигё, который вернулся из паломничества в 1010 г.: «Когда они убедились, что никаким образом не могут разрушить гробницу до основания, они попробовали устроить большой костёр, но она, подобно адаманту, не покачнулась и осталась нетронутой». Голгофу и Гроб Господень восстановили, и сразу возобновились посещения паломников: от периода с 940 по 1009 гг. сохранилось 48 литературных памятников – хождений, описывающих св. места Иерусалима. Заметного перерыва в хождениях не произошло в 1009–1010 гг. Паломники появлялись у Гроба Господня в 1012 г. (ирландский св. Коломан), в периоды до 1019 г. (Адальгерий) и до 1022 г. (Жирод). Число и статус паломников, их щедрые пожертвования (до сотен золотых фунтов) предполагают, что комплекс Гроба Господня уже в начале 1010 гг. привели в порядок. Через 18 лет (или раньше) вновь начались службы Пасхальной недели, включая литанию Святого Огня. Новое архитектурное оформление Гроба Господня заняло почти столетие. Оно началось в 1012 г. по инициативе бедуинского эмира Муфарриджа ибн аль-Джарра, который покровительствовал христианам.  С 1014 по 1023/1024 гг. работы шли под руководством матери халифа аль-Хакима, христианки Марии. В 1020–1030 гг. множество монахов (в том числе аббаты, епископы, греческий монах Симеон) и светских лиц (группа знатных паломников во главе с графом Ангулемским Вильгельмом IV Тайллефером) наблюдали в Гробе Господнем схождение Святого Огня. Важнейший этап реставрации храма Гроба Господня связан с императорами Византии: его восстановление было отмечено в мирном договоре 1035–1038 гг. между византийскими императорами и Фатимидами. Согласно историку Крестовых походов архиепископу Вильгельму Тирскому (1130 гг.  – около 1186 г.), главные средства поступили от императора Константина IX Мономаха (1042–1055 гг.). Работы были окончены к 1048 г. Завершение реконструкции к этому времени подтверждает таджикский поэт и философ Насир Хосров (1004–1088 гг.), который видел храм Гроба Господня весной 1047 г. Следующий этап реконструкции и украшения храма Гроба Господня связан с эпохой латинского владычества в Палестине.