Последствием этого убеждения было то, что Неронова на Соборе осудили и стали таскать по монастырям. Сначала сослали в Новоспасский монастырь, потом в Симонов и в Спасо-Каменный. Здесь его приняли как страдальца и предоставили удобную жизнь. Впрочем, и здесь Иоанн придирался к монахам, почему скоро надоел всей братии, продолжал писать челобитные царю. По жалобе насельников монастыря Неронова (в июле 1654 г.) сослали в Кандалакшский монастырь под крепкий затвор. По словам протопопа Аввакума, Григорий Неронов в это время был главой защитников и последователей старых обрядов. 10 августа 1655 г. Неронов решился на побег и уплыл в Соловецкий монастырь, где был принять с радостью. Архимандрит Илия, знавший Неронова и сам державшийся раскола, дал ему отдохнуть и снабдил припасами для пути в Москву. Дорога лежала через Архангельск и Переславль. Неронов остановился в Даниловом монастыре у архимандрита Тихона и жил тайно. 25 октября 1656 г. он был тайно пострижен в Данилове монастыре с именем Григорий. В иноческом чине Неронов прибыл в Москву, где жил тайно в доме Вонифатьева, рассылал письма и проповедовал не принимать нововведений реформы. В начале января 1656 г. Никон составил церковный Собор в Москве, на котором присутствовали восточные иерархи. Собор постановил отлучить Неронова от церкви. Антиохийский патриарх Макарий называл Неронова Арием на том основании, «что как тот был протопопом в Александрии, так и этот был протопопом в Москве». Неронов «со вселенскими патриархами раздора творить» не хотел и 4 января 1657 г. помирился с патриархом Никоном, но остался прежним. После изгнания патриарха Никона инок Григорий решил вернуться в старообрядчество. Негодуя против никоновских порядков, он снова пишет царю упрёки и доносит на епископов, за что получает ссылку в Вологду. По пути ищет поводы к мятежу, отправляет царю свои жалобы. 1 июля 1666 г. Собор ссылает Неронова в Иосифо-Волоцкий монастырь. 31 августа 1666 г. Собор отлучил его от священства и отдал под строгий надзор. Теперь стало ясно, что даже без патриарха Никона другие епископы не допустят его дерзостей. В это время для суда над Никоном прибыли Александрийский и Антиохийский патриархи. На суде, где они разбирали дело Неронова, он покаялся и вернулся к молитвенному общению с участниками Собора. В сентябре 1668 г. Неронова определили на испытание в Данилов монастырь, где в это время не было настоятеля. Упросив братию отпустить его в Троице-Сергиеву лавру, Неронов пришёл туда через день после прибытия царя. В разговоре он жаловался на несправедливые кары и просил простить его. Царь приказал ему идти в Москву и дожидаться решения. 2 октября 1669 г. Неронов стал архимандритом Данилова монастыря. Его управление монастырём было образцовым, он служил и проповедовал каждый день. После литургии всем, кто был в обители, давал обед, продолжал придирчиво следить за церковной службой. На шестое воскресенье после Пасхи, когда Неронов был в церкви Введения Пресвятой Богородицы в Рыбной слободе, он стал делать свои замечания, но прихожане, помня его ссылку, просто выгнали архимандрита из церкви. Григорий Неронов умер 2 января 1670 г., имея 79 лет от роду, и погребён в паперти соборной церкви Данилова монастыря. Над его могилой в стене собора есть белокаменная плита.