Узнав о появлении нового органа «управления» из газеты «Известия» (от 7 января 1926 г.), митрополит Сергий вступил с Григорием в переписку с целью прояснить канонические основания для организации ВВЦС и характер взаимоотношений между Советом, православной иерархией и исполняющим обязанности Патриаршего Местоблюстителя. Выяснив, что такие основания отсутствуют, и что ВВЦС создан в нарушение ряда церковных правил, после обсуждения сложившейся ситуации с прибывшими в Нижний Новгород архиереями митрополит Сергий 29 января 1926 г. наложил на Григория и всех архиереев, принявших участие в организации ВВЦС, запрещение в священнослужении и отстранил их от управления епархиями вплоть до раскаяния или церковного суда. Для укрепления положения ВВЦС Григорий с бывшим Могилёвским архиепископом Константином (Булычёвым) и временно управляющим Переяславской епархией епископом Дамианом (Воскресениким) попытались использовать авторитет находившегося в заключении Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра (Полянского). Получив при поддержке ОГПУ 1 февраля 1926 г. возможность встретиться с ним, они описали положение церковных дел в нужном им виде, скрыв наложенное на них запрещение, и просили благословить деятельность ВВЦС. Митрополит Пётр передал через условную резолюцию обязанности Патриаршего Местоблюстителя коллегии из находившегося под арестом архиепископа Николая (Добронравова), не имевшего разрешения на въезд в Москву архиепископа Димитрия (Беликова) и Григория, но не благословил деятельность ВВЦС. Однако Григорий представил резолюцию как аннулирование полномочий митрополита Сергия и передачу высшей церковной власти ВВЦС. Получив объяснения митрополита Сергия, Патриарший Местоблюститель в письме от 22 апреля 1926 г. аннулировал свою резолюцию и подтвердил его полномочия, а в послании от 1 января 1927 г. осудил деятельность Григория и возглавляемого им ВВЦС как раскольническую. В примечании к посланию он описал встречу с Григорием, посетившим его в том же месяце в свердловской тюрьме. При встрече митрополит Пётр сообщил Григорию, что тот находится вне молитвенно-канонического общения с ним, и призвал подчиниться наложенным запретам. В июне 1927 г. Григорий предложил пользовавшемуся авторитетом Верейскому архиепископу Илариону (Троицкому), специально доставленному в Москву из СЛОН, возглавить ВВЦС, обещая сан митрополита, но получил решительный отказ. 18 ноября на григорианском «предсоборном съезде» Григорий был возведён в «митрополиты Свердловские и Уральские». В «григорианском расколе» он играл руководящую роль до 1928 г., когда по состоянию здоровья передал пост председателя ВВЦС архиепископу Виссариону (Зорнину) и удалился в Свердловскую епархию (григорианскую), которую возглавлял до кончины. На правах епархиального архиерея служил в кафедральном (григорианском) Александро-Невском соборе Свердловска, а после его закрытия – в кладбищенской Иоанно-Предтеченской церкви, где и был впоследствии похоронен. Скончался вне общения с православной церковью.