В это время шла борьба между арабами-мусульманами и монгольскими властями, в которой часто страдали христиане. Григорий перебрался в Багдад, совершил там множество рукоположений, налаживал отношения с местной несторианской общиной, но они складывались сложно. Он переселился в Ниневию. После смерти ильхана Хулагу при новом ильхане Абаке мамлюки постепенно захватили Сирию, что укрепило позиции мусульман. В 1282 г. ильхан Тегюдер принял ислам, а в 1295 г. ильхан Газан также стал мусульманином; эти перемены определили дальнейшее враждебное отношение к христианам. Должность мафриана была нелёгкой, и Григорию приходилось тесно взаимодействовать с монгольскими властями, а также с несторианскими иерархами, из которых самой яркой фигурой был Яваллаха III, знаменитый путешественник. Григорий не оставлял и медицинских занятий, лечил людей, о его бессребреничестве слагались легенды. По преданию, больные, которых он лечил, приносили ему в благодарность деньги; после его кончины под коврами в келье и в укромных местах были обнаружены многочисленные подношения, которые Григорий отказывался брать, но страждущие оставляли их в разных местах его жилища. Григорий возводил новые церкви (например, в Тебризе и Мараге в 1282 г.), ремонтировал монастыри (например, Мар-Юханнан в Барталле в 1285 г.), строил странноприимные дома-ханы. В 1286 г. у него открылась «злокачественная лихорадка». Григорий спокойно принял приближение смерти, сказав: «Я родился в год, когда Сатурн и Юпитер были в созвездии Водолея. Двадцать лет спустя, когда они были в созвездии Весов, я был поставлен во епископа, ещё двадцать лет спустя, когда они вошли в созвездие Близнецов, я стал мафрианом. Так что, когда они опять окажутся в созвездии Водолея, придёт мне пора покинуть этот мир». В ночь на 28 июля 1286 г. Григорий, находившийся в адурбадаганской Мараге, почувствовав себя плохо, отдал последние распоряжения относительно имущества мафрианата, исповедался и причастился. После его кончины католикос Яваллаха объявил траур, несколько сот человек день и ночь стояли в поминальной молитве у кельи Григория. На его похороны в монастырь Мар-Маттай собралось множество народа, не только сирийцы всех исповеданий, но и армяне и греки. Жизнеописание Григория составил его брат Бар Саума Сафи, но некоторые сведения о жизни Григория содержатся в его трудах. Его сочинения делятся на богословские, философско-логические, научные, исторические и литературные. К богословским трудам исследователи относят: «Книгу о голубице» – правила для отшельников, не имеющих духовного наставника; «Светильник святилища» («Мнорат кудшо») – богословский компендиум в 12 книгах, охватывающий основные разделы систематического богословия; «Книгу лучей» («Ктово д-заглэ»), состоящую из 10 частей по всем разделам богословия (от творения мира до свободной воли, священства и рая); «Итикон» – сочинение на аскетико-нравственную тему; «Житницу тайн» (иногда называемую «Horreum mysteriorum») – несистематический комментарий на Священное Писание Ветхого и Нового Заветов; «Книгу изложения Иерофея» – истолкование несохранившегося сочинения Бар Судайле; «Путеводитель, или Номоканон» («Ктово д-худойе»).