6 декабря 1924 г., в день лаврского праздника, он был арестован по сфабрикованному в ГПУ делу о монахах лавры, «организованным путём укрывавшихся от уплаты налогов». 17 апреля 1925 г. освобождён под подписку о невыезде. На суде держал себя с большим мужеством, на вопросы отвечал вежливо, без боязни. 5 марта 1926 г. приговорён Ленинградским губернским судом к одному году тюрьмы с понижением срока заключения «ввиду первой судимости» до трёх месяцев, зачтённых за счёт предварительного заключения. Вновь арестован 1 апреля 1927 г. по обвинению в создании среди учащихся Богословско-пастырского училища кружка «Ревнителей истинного православия» для «организации массовых выступлений при закрытии по требованию рабочих церквей, при передаче церквей от одного течения другому и т.д.». Освобождён под подписку о невыезде 19 ноября 1927 г. Следственное дело было прекращено через год «за недостаточностью компрометирующего материала». Григорий критически встретил «Декларацию» 1927 г., был идейно близок к иосифлянству, но формально к нему не присоединился. За богослужением не поминал Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси), о чём 25 января 1928 г. Временным Священным Синодом ему было вынесено предупреждение, оставленное Григорием без внимания. Отклонил приглашение к сотрудничеству от новоназначенного в Ленинград митрополита Серафима (Чичагова). В марте 1928 г. отправился в Москву для разъяснения митрополиту Сергию своей позиции. По результатам беседы 13 марта подал ему заявление об увольнении на покой с освобождением от обязанностей наместника Александро-Невской лавры и от руководства Шлиссельбургским и Детскосельским викариатствами. Прошение принято не было, и Григорий вернулся в Ленинград. Занимая независимую позицию по отношению к митрополиту Сергию, но и порицая открыто порвавших с ним епископов и пресвитеров, Григорий своим авторитетом сдерживал переход к иосифлянам значительной части насельников лавры и членов приходских советов храмов обители. В мае вышел указ митрополита Сергия о назначении Григория епископом Феодосийским, викарием Таврической епархии. Расценивая это как форму ссылки, Григорий не принял назначения. В июле депутация от приходских советов храмов лавры и Детского Села обратилась к митрополиту Сергию с просьбой оставить Григория на прежнем месте, но получила отказ. 5 августа 1928 г. Григорий совершил последнюю службу в лавре и 29 августа выехал из Ленинграда в Коломну. Там он приступил к работе над богословскими сочинениями, среди которых центральное место занимало экзегетическое сочинение «Благовестие святого евангелиста Марка». В сентябре 1931 г. переехал в Москву, с сентября 1932 г. проживал в пос. Жаворонки Московской области, пока ему не отказала в жилье хозяйка дома, испугавшись давления властей. В марте 1933 г. поселился в г. Кашине. Работал сторожем на птицефабрике. Переписывался с духовными чадами, окормляя тех, кто приезжал к нему, наставлял на путь подвижничества, которым сам следовал. Был арестован 16 апреля 1937 г. в Кашине по групповому делу бывших насельников Данилова монастыря как «руководитель контрреволюционной группы фашистско-монархической организации». На допросах держался с твёрдостью, отвергая обвинения. 13 сентября 1937 г. приговорён Особой тройкой при Управлении НКВД по Калининской области вместе с большой группой духовенства и мирян к смертной казни. В 1981 г. канонизирован РПЦЗ. Имя Григория включено в Собор новомучеников и исповедников Российских определением Священного Синода от 16 июля 2005 г.