По свидетельству архимандрита Фотия (Спасского; 1792–1838 гг.), «Госнер входит в доверие у царя: Мария императрица его покровительствует». Иоганн Госснер вызывал особое отторжение у ревнителей православия. Его книга «Дух жизни и учения Иисуса Христа» была пропущена цензурой в мае 1823 г. В ней он высмеивал обряды православной церкви, объявлял их греховными, критиковал духовенство, рассматривая его в соответствие с протестантским учением как посредника между Богом и человеком. 12 апреля 1824 г. архимандрит Фотий (Спасский) послал императору Александру I письма под названиями «Пароль тайных обществ или тайные замыслы в книге „Воззвание к человекам о последовании внутреннему влечению Духа Христова“» и «О революции через Госснера, проповедываемой среди столицы всем в слуху явно уже», в которых сделал разбор книги Иоганна Госснера и нескольких других мистических изданий того времени. Архимандрит Фотий пытался доказать царю, что мистики и Госснер в частности не только занимают антицерковную позицию, но и вынашивают планы революции, которая призвана уничтожить царский престол. Интрига удалась: Иоганн Госснер был выслан из Петербурга. Рассмотрение его книги было поручено президенту Российской академии Александру Семёновичу Шишкову (1754–1841 гг.). Переводчик, цензор и содержатель типографии, где печаталась книга, Николай Иванович Греч (1787–1867 гг.) были отданы под суд, Госснер же 11 мая 1824 г. выслан за границу, а 15 мая 1824 г. был отправлен в отставку А.Н. Голицын; книгу Госснера было велено сжечь. В 1826 г. Иоганн Госснер официально покинул Римско-католическую церковь и перешёл в протестантизм. Одно время он жил в Лейпциге, занимаясь литературным трудом. Стремление Госснера одухотворить догматы религии придавало его воззрениям протестантский оттенок (протестантский пиетисты всегда возбуждали его симпатию). Он официально принял лютеранство и стал проповедником в Берлине. Как кальвинист и лютеранин руководил церквами, создавал школы, приюты и миссионерские агентства в разных странах. В 1836 г. им было учреждено миссионерское общество для проповедования христианства язычникам. Его миссионеры успешно действовали в Индии, где колония близ Калькутты до сих пор известна как «Миссия Госснера». До конца жизни жил в Берлине, где и умер.