После смерти короля Сигизмунда II Августа (1572 г.) на выборах короля Речи Посполитой Гозий поддержал кандидатуру Генриха Валуа, который и был избран королём (1573 г.). После бегства Генриха Валуа из Польши во Францию (1574 г.) выступал за избрание польским королём германского императора Максимилиана II и только после его смерти (1576 г.) принёс присягу избранному королём Стефану Баторию (1533–1586 гг.). Станислав Гозий старался воспрепятствовать признанию новоизбранными королями так называемой Варшавской конфедерации, одобренной сеймом, созванным в период междуцарствия (1573 г.), и гарантировавшей религиозный мир, равноправие и свободу вероисповедания. После того как Генрих Валуа (1574 г.) и Стефан Баторий (1576 г.) дали присягу о соблюдении Варшавской конфедерации, Гозий не переставал доказывать необязательность такой присяги как вынужденной. Под его влиянием большая часть польской католической иерархии на Петроковском соборе (1577 г.) осудила и прокляла Варшавскую конфедерацию, торжественно приняв постановления Тридентского собора. В 1573 г. папа Римский Григорий XIII (1572–1585 гг.) назначил Гозия папским пенитенциарием. При содействии Гозия в Риме был основан Польский приют (hospicium) и при нём церковь во имя св. Станислава (1578 г.). Станислав Гозий был одним из наиболее типичных представителей возрождённого католичества. Его безупречная нравственная жизнь, глубокая религиозность, аскетические подвиги, изобретательность в средствах достижения цели вместе с общепризнанной тогда учёностью как нельзя больше послужили ему в его исторической роли главного вождя католической реакции в Польше. Гозий – автор многочисленных богословских, полемических и поэтических произведений; придавал большое значение противостоящей протестантизму святоотеческой традиции. Его полемика с лютеранином Йоханнесом Бренцем (1499–1570 гг.) в сочинении «Опровержение пролегомен Бренца» («Confutatio prolegomenon Brentii». Coloniae, 1560) имела европейское значение и резонанс. Из богословских трудов Гозия также известно сочинение «О месте и власти Римских Первосвященников в Церкви Христовой и Соборах» («De loco et auctoritate Romani Pontificis in Ecclesia Christi et conciliis». Coloniae, 1567), написанное в 1563 г. Его сочинение «Исповедание христианской католической веры» инспирировало создание гравюры Томаша Третера с апологетическим изображением католической церкви, впервые опубликованной в иллюстрированном катехизисе («Typis Ecclesiae Catholicae ad instar brevis laicorum cathechismi». Venetiis, 1574). Обстоятельства создания этой гравюры Гозий описал в письме к кардиналу Карло Борромео (1538–1584 гг.) от 20 мая 1573 г. На её основе было выполнено несколько триптихов, сохранившихся до настоящего времени в ряде костёлов в окрестностях г. Ольштын. Станислав Гозий похоронен в римской церкви Санта-Мария ин Трастевере. Третером была подготовлена серия гравюр о его жизни («Theatrum Virtutum Stanislai Hosii») в связи с возможной канонизацией кардинала, однако процесс канонизации Гозия начат в католической церкви лишь в настоящее время.