Вместе с папским нунцием Алоизием Липпомано выступал за проведение репрессий против иноверцев. В 1558 г. папа Римский Павел IV (1555–1559 гг.), желая сделать Станислава Гозия советником, вызвал его в Рим. В 1560 г. папа Римский Пий IV (1559–1565 гг.) отправил его нунцием в Вену, где тому удалось убедить императора Фердинанда I возобновить прерванную в 1552 г. работу Тридентского собора. 30 января 1560 г. (или, по другим сведениям, 26 февраля 1561 г.) папа Пий IV назначил Гозия кардиналом-пресвитером церкви св. Лаврентия (S. Laurentii in Panissperna). В 1562–1563 гг. Станислав Гозий был одним из папских легатов, председательствовавших на заключительных заседаниях Тридентского собора, проявил себя самым ярым поборником папских планов и идей. В соборных постановлениях отразилось его учение о мессе (главным образом, 21-я и 22-я сессии в 1562 г.). После возвращения в 1564 г. в Польшу опять взял на себя роль главного руководителя польской иерархии в борьбе с Реформацией. На сейме в Парчеве (1564 г.) Гозий вместе с папским нунцием Джованни Франческо Коммендоне добился от короля Сигизмунда II Августа признания определений Тридентского собора и издания эдикта об изгнании из Польши иноверцев-иностранцев. Постановления Тридентского собора в Речи Посполитой были признаны фактически на Петроковском сейме (1572 г.) и официально в 1577 г. В 1565 г. Станислав Гозий провёл Собор Варминского епископства; в тогдашней резиденции Варминских епископов, в г. Браневе (Браунсберге), им была основана духовная семинария. После смерти папы Пия IV (1565 г.) некоторые кардиналы даже выдвигали Гозия кандидатом на папский престол. Для борьбы против протестантизма он в 1564 г. пригласил в Варминское епископство иезуитов, которые в 1564–1565 гг. основали в Браневе свою первую коллегию в Польше (Collegium Hosianum). В 1565 г. друг Гозия, Дж. Ф. Коммендоне, получил от Сигизмунда II Августа грамоту, разрешавшую иезуитам обосновываться на прочих польских землях. В 1569 г. по совету Гозия иезуиты были приглашены в Литву (в Вильно) Виленским епископом Валерианом Протасевичем (около 1505 – 1579 гг.). В 1566 г. папа Римский Пий V (1566–1572 гг.) назначил его легатом (legatus designatus) на провинциальном Соборе Гнезненского архиепископства и легатом a latere в Варминском епископстве. Выступая против идеи создания польской национальной церкви и примирения с протестантами, Гозий вместе с Дж. Ф. Коммендоне воспрепятствовал проведению «национального Собора» (1566 г.), одним из инициаторов которого был примас Яков Уханский, стремившийся привести к согласию католиков и протестантов. В 1566 г. на Люблинском сейме Станислав Гозий выступал против требований протестантов изгнать из Польши антитринитариев, а после издания королевского эдикта об их изгнании настоял на объявлении, что этим эдиктом не признается законность других сект. В 1569 г. Гозий был направлен королём Сигизмундом II Августом с дипломатической миссией в Рим, где и пребывал до конца жизни, продолжая оказывать влияние на польские церковные и государственные дела.