28 ноября 1909 г. по представлению академиков Никодима Павловича Кондакова (1844–1925 гг.) и Алексея Ивановича Соболевского (1856–1929 гг.) Н.Н. Глубоковский был избран членом-корреспондентом Императорской Академии наук. По поручению академии написал четыре отзыва о сочинениях, выдвинутых на соискание различных премий: на книгу профессора Санкт-Петербургской Духовной академии Бориса Васильевича Титлинова (1879–1944 гг.) «Духовная школа в России в XIX ст.»; на книгу профессора Московского университета Владимира Ивановича Герье (1837–1919 гг.) «Блаженный Августин: Зодчие и подвижники Царства Божия»; на книгу профессора Томского университета Павла Александровича Прокошева (1868–1922 гг.) «Didaskalia Apostolorum и первые шесть книг Апостольских Постановлений: историко-критический этюд из области источников церковного права»; на книгу доцента Петроградского университета Василия Васильевича Четыркина (1885–1948 гг.) «Апокалипсис св. апостола Иоанна Богослова: Исагогическое исследование». Глубоковского исследователи по праву называют первым историографом русской богословской науки. Помимо очерков об отдельных церковных учёных ему принадлежит исследование «Русская богословская наука в её историческом освещении и развитии», написанное в 1917 г. по просьбе академика Александра Сергеевича Лаппо-Данилевского (1863–1919 гг.) для предполагавшегося Академией наук издания «Русская наука» и впервые напечатанное (в краткой редакции) в 1919 г. в Петрограде. В 1924 г. несколько глав опубликованы (в латинской транскрипции) в «Acta Academiae Velehradensis», а в 1927 г. – в Париже в журнале «Recherches de Science Religieuse». В 1928 г. очерк в той же краткой редакции издан Глубоковским в Варшаве. По его убеждению, «всякая наука для своего развития требует хорошей специальной школы и широкой образованной аудитории». Эти условия по отношению к русскому научному богословию «долго отсутствовали», ему «приходилось больше собирать и усвоять, чем творить и обогащать», тем не менее, разрастаясь и научно укрепляясь, оно всегда сохраняло «собственный отличительный облик в своей православности». Характеризуя различные разделы русской богословской науки и наиболее значительных её представителей, Н.Н. Глубоковский отмечал две основные особенности русского научно-богословского ведения, выводимые из самой сущности православия. Он считал, что русское богословие «по своей природе остаётся единым», в нём нет «обособленных богословских «школ», которые расходятся до исключительности и враждебности», как на Западе, поскольку, удерживая теснейшую связь с жизненными первоисточниками, оно «в основе своей не носит ни догматической стереотипности, ни схоластической мёртвенности, сохраняя жизненную подвижность» и как следствие этого некоторую «неопределённость и незаконченность строго формулированных результатов». Русское богословие, писал он, стремилось проникнуть «внутрь предметов и обнаружить идейную их основу», не ограничиваясь только «констатированием и обобщением», сосредоточиваясь на «философском постижении и принципиальном истолковании», тем самым оно совершало «великую культурно-историческую миссию призывного напоминания и бодрого предвещания о Божественном и вечном, наиважнейшем для всякого существа в мире».