Плохая сохранность древнейшего пласта глаголической письменности и достаточно позднее введение в научный оборот относящихся к нему памятников (до первой четверти XIX в. исследователям, по сути, были известны лишь хорватские рукописи не ранее XIII–XIV вв.) послужили причиной продолжительной полемики о взаимоотношении и об обстоятельствах создания двух славянских алфавитов, завершившейся, в основном, в первой четверти XX в. Версия о первичности глаголицы завоёвывала признание постепенно. На раннем этапе научной деятельности древнейшим славянским алфавитом считали кириллицу даже такие исследователи, как Йозеф Добровский (1753–1829 гг.) и Павел Йозеф Шафарик (1795–1861 гг.), позднейшая гипотеза которого о происхождении глаголицы лежит в основе современных представлений. В настоящее время первичность глаголицы по отношению к кириллице является общепризнанной; она надёжно устанавливается на основании совокупности аргументов. Глаголица, в отличие от кириллицы, за исключением нескольких знаков, является полностью новой азбукой с самостоятельными начертаниями букв. Черноризец Храбр, писавший не позднее начала X в. в защиту славянской азбуки (если учесть число букв в ней и названия некоторых из них в отдельных списках его сочинения, сопоставленные с данными абецедариев) имел в виду именно глаголицу. Древнейшие азбучные акростихи организованы в последовательности глаголического алфавита. Числовая система глаголицы полностью оригинальна (включает и буквы, отсутствующие в греческом алфавите), в то время как в кириллице она следует за греческой азбукой. В кириллических памятниках в нумерации и передаче числительных может обнаруживаться влияние глаголицы (автоматическая транслитерация букв-цифр без учёта разницы их числового значения в обеих азбуках, отражение смешения близких по начерку глаголических букв, в то время как обратных примеров нет). Исследователям известны палимпсесты, написанные кириллицей по глаголице, но нет глаголических по кириллице. Все вышеизложенные факты сочетаются с большей архаичностью языка древнейших глаголических рукописей по сравнению с кириллическими. Вопрос о происхождении глаголицы пользовался и продолжает пользоваться в палеославистике большой популярностью, причём помимо строго научных объяснений существует масса псевдонаучных версий. Основные теории и гипотезы в целом исследователи группируют вокруг двух принципов. Согласно версии естественного происхождения глаголицы, св. Кирилл (Константин) воспользовался одним алфавитом или несколькими известными ему алфавитами. Версия искусственного происхождения представляет глаголицу плодом самостоятельного творчества просветителя славян, что, впрочем, не исключает возможности использования принципов предшествующих систем письма. У истоков версии естественного происхождения глаголицы лежит средневековое предание, возникшее в Далмации, которое объявляет эту азбуку изобретением создателя латинского текста Библии Иеронима Стридонского (342 – 419/420 гг.) с целью защитить пользующихся ею местных славян-католиков от обвинений в ереси.