В связи с этим Гильберт Порретанский настаивал на разграничении сфер философии и богословия, утверждая, что законы, руководящие естественным познанием (rationes, leges naturalium), не могут быть применяемы без ограничений к познанию богословскому (theologica speculatio). Среди научных принципов есть принципы, общие для многих наук, и частные принципы, свойственные лишь некоторым. Тот, кто смешивает частные принципы одних наук с другими, не проведя соответствующей коррекции, впадает в ошибки, как это имело место с арианами, савеллианами и другими еретиками. В исследовании богословских вопросов, которые превышают познавательную силу разума, используются совершенно другие приёмы, отличные от принципов как физических, так и математических наук, хотя им и не противоречащие. Так, знаменитое определение человека как «животного разумного смертного» справедливо лишь в естественных науках, но не в богословии, которое учит о грядущем воскресении мёртвых. Потому для применения терминов одного вида знания в другом Гильберт Порретанский предлагал использовать метод «пропорциональной трансумпции» (proportionalis transumptio), т.е. такой соразмерной перестановки, при осуществлении которой происходит определённое изменение значений соответствующих терминов. Например, категории качества и количества, в собственном смысле относящиеся к естественным наукам, могут применяться и в богословии, т.е. относиться к Богу, но с тем условием, что в Нём они совпадают с самой сущностью. В целом метод «пропорциональной трансумпции» у него представляет собой разновидность «аналогии», издавна применявшейся в христианском богословии. Кроме того, подобно Аврелию Августину и Боэцию, отличие богословия от остальных наук Гильберт Порретанский видел также в том, что в нём не разум предшествует вере, но вера – разуму, поскольку в богословских исследованиях мы не «познавая веруем, а веруя познаём», т.е. вера без каких-либо рациональных оснований схватывает то, для познания чего человеческие размышления не могут быть достаточными. Впрочем, так же как и Боэций, Гильберт Порретанский полагал, что к вере следует присоединять разумение, чтобы сначала авторитет веры соединить с разумом, а затем согласие разума сочетать с верой. Он дополнял и интерпретировал Боэция, скрыто полемизируя с Аврелием Августином и Пьером Абеляром. Бог, или божественность (divinitas, deitas), – это «простая и единственная сущность» (singularis et simplex essentia), или «само Бытие» (ipsum esse), которое не происходит от чего-то другого, но от которого проистекает бытие для всего остального. Как таковая, Божественная сущность есть чистая и истинная форма, лишённая какой-либо материи и движения, а потому первичная, абсолютно простая, несложная и единая. Именно поэтому Бог «есть то, что Он есть» (est id quod est), т.е. Его сущность тождественна Ему Самому, а также Его характерным свойствам, так что Бог есть сама божественность, сама премудрость, само могущество, сама справедливость, само величие и т.п. Качество и количество в Боге не суть то, чем они считаются, но суть сама единственная и простая сущность, свободная от всех привходящих свойств. Впрочем, иногда Гильберт Порретанский критиковал, по сути, августиновский взгляд на Божественную простоту, говоря, что есть «некоторые младенствующие умом» (aliqui sensu parvuli), которые, услышав, что Бог прост, но о Нём сказывается множество различных предикатов, поняли это так, что сущность, благодаря которой Бог существует, есть одновременно и единство, благодаря которому Он един, и вечность, благодаря которой Он вечен, и т.п.