После смерти Гермеса его сторонники продолжили распространение его учения, составив особую школу «гермесианцев». В 1832 г. ближайшие ученики Гермеса (профессора И.Й.В. Браун и И.Г. Ахтерфельдт) основали журнал «Zeitschrift für Philosophie und katholische Theologie», издававшийся при богословском факультете Боннского университета. В 1834 г. И.Г. Ахтерфельдт начал публикацию «Христианско-католической догматики». Ещё до издания её первого тома в Германии сформировалась группа теологов (в основном, иезуитов), не согласных с «гермесианством». В 1832 г. немецкий пресвитером А.И. Бинтеримом был подан запрос в Священную конгрегацию инквизиции о соответствии взглядов Гермеса католической вере. По поручению папы Римского Григория XVI (1831–1846 гг.) для рассмотрения взглядов Гермеса была сформирована специальная теологическая комиссия во главе со специалистом в области догматического богословия иезуитом Джованни Перроне (1794–1876 гг.). На основании отчёта комиссии 26 сентября 1835 г. папа Григорий XVI издал бреве «Dum acerbissimas», в котором суждения Гермеса относительно Священного Писания и учения церкви, сущности и природы веры, первородного греха и т.д. объявлялись противоречащими католическому вероучению и ведущими к индифферентизму и скептицизму. В том же году обе части «Введения» и первая часть «Христианско-католической догматики» были занесены в «Индекс запрещённых книг». 7 января 1836 г. в «Индекс» были занесены вторая и третья части «Догматики». Узнав о содержании папского бреве, «гермесианцы» стали настаивать, что осуждавшиеся в нём воззрения не имеют никакого отношения к излагавшимся Гермесом взглядам. Однако новый Кёльнский архиепископ К.А. фон Дросте-Фишеринг, давний противник Гермеса, потребовал от профессоров богословия Боннского университета полного отказа от «гермесианства». В 1837 г. он составил «18 тезисов», где излагалось католическое вероучение с противопоставлением учению Гермеса. В том же году прусское правительство запретило профессорам богословия Боннского университета ссылаться на труды Гермеса и излагать его взгляды в лекциях, равно как и вести полемику в отношении папского бреве. В мае того же года И.Й.В. Браун и профессор П.И. Эльвених прибыли в Рим с целью оправдать«гермесианство» и доказать соответствие взглядов Гермеса католическому вероучению. Рассмотрение апелляции было поручено папой генеральному настоятелю ордена иезуитов пресвитеру Й. Ротану, который потребовал от них представить латинский перевод сочинений Гермеса, но из-за несанкционированного издания ими в 1838 г. написанного в защиту «гермесианства» сочинения «Meletemata theologica» пресвитер Й. Ротан отказался от дальнейшего рассмотрения их апелляции. После безрезультатной встречи с папским госсекретарём кардиналом Луиджи Ламбрускини (1776–1854 гг.) И.Й.В. Браун и П.И. Эльвених в апреле 1838 г. вернулись в Германию, где опубликовали описание переговоров в новом, защищавшем «гермесианство» сочинении «Acta Romana». Активную «гермесианскую» полемику и пропаганду идей Гермеса осуществлял также профессор Бреслауского (Вроцлавского) университета Ииоган Баптист Бальцер (1803–1871 гг.). 4 марта 1842 г. в управление Кёльнским архиепископством вступил епископ Иоганн фон Гейсель (1796–1864 гг.), которому удалось добиться разрешения прусского правительства на отстранение Брауна и Ахтерфельдта от преподавания в Боннском университете и реорганизовать его богословский факультет, что привело к удалению всех сочувствовавших «гермесианству» профессоров. Браун и Ахтерфельдт продолжали защищать «гермесианство» в издававшемся ими до 1852 г. журнале, однако в 1860 г. они также признали ошибочность учения Гермеса. Первый Ватиканский собор (1869–1870 гг.) в догматической конституции о католической вере «Dei Filius» вновь подтвердил осуждение «гермесианства», анафематствовав всякого, кто утверждает несвободный и зависящий от разума характер христианской веры и право каждого верующего на сомнение в вероучении католической церкви для получения рациональных доказательств его достоверности.