Гермес скончался, не успев опубликовать задуманное им продолжение «Положительного введения», посвящённое Священному Преданию и учению католической церкви (так называемое demonstratio catholica), а также 3-томное сочинение «Christkatholische Dogmatik» («Христианско-католическая догматика»), в котором он излагал свою трактовку католического догматического богословия. Учение Гермеса во многом определялось культурной средой начала XIX в. Он противопоставлял себя как скептицизму французского Просвещения и кантианству, так и мистике и «вере чувств» романтизма. Своей главной философской задачей Гермес считал приспособление средств современной ему философии для доказательства принципиальной возможности философского познания Бога и истинности божественного Откровения. С этой целью он создаёт научно-философское введение, предваряющее традиционные разделы теологии (догматика и моральное учение), на основании чего некоторые исследователи считают его родоначальником основного богословия (Fundamentaltheologie) как дисциплины. Воспринимая разум как единственный данный человеку Богом инструмент познания, Гермес утверждает право каждого человека верить только в то, что является несомненной для разума истиной. В качестве критерия истинности он полагал внутреннюю очевидность сознания (Fuerwahrhalten), к которой следует стремиться при рациональном анализе вероучительных положений и которая достигается посредством «положительного сомнения». Допуская возможность вывода логическим путём большинства из атрибутов Бога, Гермес в то же время признавал, что разум не в состоянии доказать, что Бог есть чистый Дух или что Его атрибуты бесконечны. Пределом для теоретических поисков и доказательств является Бог Откровения, т.к. разум не может доказать сам факт Откровения, а только его возможность (эти положения противоречат традиционному католическому учению). При этом чудеса, являющиеся свидетельством истинности Откровения, Гермес отвергал в силу их малой убедительности, т.к. трудно удостовериться, что является их причиной – непосредственное вмешательство Бога либо непознанные, скрытые силы природы. Положительно говорить об Откровении возможно лишь с позиций практического разума, т.е. в области этики, т.к., по мнению Гермеса, достоверным (Fuerwahrannehmen) может считаться лишь то, что практический разум определяет как не противоречащее человеческому достоинству. Например, содержание Нового Завета находится в полном согласии с внутренним чувством долга человека и служит его моральному совершенствованию, вследствие чего оно может быть признано истинным. Среди особенностей учения Гермеса – высказанная им в «Христианско-католической догматике» позиция относительно состояния первых людей до грехопадения. Гермес полагал, что богоподобие человека до первородного греха проявлялось двояким образом: в свойствах разумного творения (понимание и воля) и в праведности, т.е. в разумной нравственности, направляющей волю человека ко благу. Обладая способностью безошибочного суждения, разум первых людей подчинял себе их чувства, поэтому они могли творить только благие дела и не имели склонности ко злу. Первородный грех понимался Гермесом как вожделение (concupiscentia) или восстание низшей природы человека против его высшей природы. Если подчинение чувств разуму делало Адама и Еву морально совершенными, то первородный грех явился нарушением этой упорядоченности – нарушением совершенного равновесия между разумом и чувствами человека, что повлекло за собой изменение самой природы человека. Беспорядочное вожделение передалось от Адама и Евы всему роду человеческому. Гермес склонялся к представлению о благодати как о постоянной готовности Бога помогать человеку, получившему через Крещение Его благоволение, а не как о сверхприродной, освящающей человека реальности, что сближает его сотериологию с концепцией оправдания инициатора Реформации Мартина Лютера (1483–1546 гг.).