После перехода епископа Виссариона (Зорнина) в григорианский раскол Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский) поручил епископу Герману управление Ульяновской епархией. В это время он активно боролся с представителями григорианского движения; борьба приобретала острые формы. Так, однажды епископ был избит монахинями, которые перешли к григорианцам. В 1926 г. находился под арестом, 4 июня 1926 г. был приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ к трём годам высылки за пределы Чувашской АССР. В дальнейшем получал назначения на служение в местах ссылки. С 1926 г. – епископ Бугульминский, викарий Самарской епархии, временно управлял Бугурусланским викариатством. С 1927 г. – епископ Бугурусланский. В 1928 г. бы выслан в Сибирь, назначен епископом Кузнецким, викарием Томской епархии и временно управляющий Томской епархией. В ноябре 1930 г. – июле 1931 г. – епископ Омский и Павлодарский. С июля 1931 г. – епископ Никольско-Уссурийский, временно управлял Приморской и Владивостокской епархией. С сентября 1931 г. – епископ Барнаульский, одновременно управлял Бийско-Алтайской епархией. Поскольку в декабре 1931 г. епископом Барнаульским был назначен Тарасий (Ливанов), исследователи считают, что епископ Герман тогда был освобождён от управления Барнаульской епархией. Вместе с тем сам факт его последующего ареста в Бийске позволяет им предполагать, что он сохранил за собой временное управление Бийской епархией. 1 апреля 1932 г. был арестован в Бийске по обвинению в «антисоветских высказываниях» во время проповедей, освобождён 27 июля. Со 2 октября 1932 г. – епископ Благовещенский. 11 февраля 1933 г. был арестован в Хабаровске, приговорён к десяти годам лишения свободы, находился в заключении в городе Свободный (ранее Алексеевск) Амурской области, работал счетоводом. В лагере продолжал религиозную деятельность. Был осуждён Тройкой УНКВД по Амурской области по обвинению в контрреволюционной пропаганде, приговорён к высшей мере наказания и 2 ноября 1937 г. расстрелян в одном из лагерей Бамлага. Священный Синод Русской православной церкви 17 июля 2001 г. включил имя епископа Германа в Собор Новомучеников и Исповедников Российских. В конце 2012 г. стало известно, что имя Германа (Кокеля), в числе 36 новомучеников было исключено из общецерковного календаря на 2013 год без каких-либо объяснений со стороны официальных структур Русской православной церкви. При этом решения о деканонизации не выносилось ни Священным Синодом, ни прошедшем в феврале 2013 г. Архиерейским Собором (они только могут выносить решения о (де)канонизации от лица всей церкви). По мнению протодиакона Андрея Кураева, такое могло случиться ввиду открытия новых документов, содержащих указания на факты, «не соответствующие христианским представлениям о том, как святой (не простой человек, а именно образцовый святой) должен вести себя на допросе и даже под пыткой». При этом А. Кураева удивил факт того, что не было объявлено, какая именно структура РПЦ несёт ответственность за изъятие 36 новомучеников из церковного календаря, и само это событие со стороны церкви никак не объяснено.