Некоторые забранные вещи ему было велено «возвратить без удержания», но иное было ему поставлено на том основании, что «оное в расход употребил не туне, понеже он в то время был в архиерейском доме в правлении домовых и епаршеских дел»; «запущенные» якобы Германом подряды были поставлены в вину не архимандриту, а подрядчикам; относительно некоторых обвинений было прямо сказано, что это «протестовано от единой точию ненависти на архимандрита Барутовича»; даже не поставлено было ему в вину с большим коварством указанное его обвинителями несвоевременное принесение им присяги на том основании, что он «учинил оную доброжелательно, как только осведомился, что ему у присяги быть надлежит». Синод поставил в вину Герману только употребление им в своей просьбе к Амвросию Юшкевичу «непристойной и дерзкой речи о своём пастыре, чтобы-де от того Египта ему освободиться, якобы он, архимандрит, от Его Преосвященства порабощён был, как люд Израильский от фараона». Но и за это Герман был наказан лишь «отрешением от Казанской епархии», которого он сам желал, да и это определение Синода потеряло всякое значение после того, как 23 декабря того же года Герман был назначен настоятелем Московского Спасо-Андроникова монастыря. Для довершения торжества Германа 3 января 1737 г. указом Кабинета ему была отдана в ведение та же Казанская школа с подчинением его исключительно Синоду. Герман занял в Казани независимое положение, опираясь на губернатора князя Голицына, которому было поручено следствие про произвольные действия Гавриила. В январе 1738 г. уже были восстановлены фара и инфима; Герман строил семинарию и хлопотал даже о площади, «приличной для размножения сада и саждения всяких огородных овощей для студентов и их рекреаций». Гавриил в бессильной злобе пробовал досадить Герману хотя бы мелочами и жаловался Синоду на самовольное совершение архимандритом священнодействий в Казани. Но 9 марта 1738 г. Синод дозволил Герману «невозбранно отправлять священнослужение, когда восхощет», и в тот же день перевёл Гавриила в Великий Устюг. Герман оставался «у надсмотрения» школ до 23 октября 1738 г., когда Синод передал школы епископу Казанскому Луке, а Германа постановил за его «трудополнение» перевести «на высшую степень» в Свияжский Богородицкий монастырь с поручением ему «поправлять и новокрещенские дела». Но в декабре того же года новокрещенские дела со Свияжской архимандрией были переданы Димитрию Сеченову (1709–1767 гг.), а Герман остался архимандритом Андроникова монастыря и был назначен членом Московской духовной дикастерии. 24 октября 1743 г. он «для некоторых Св. Прав. Синоду известных благословных резонов» был переведён в Гамалеевский монастырь Черниговской епархии. Повод к этому подало употребление Германом «неведомо в какой расход» иконных «привесов» и в Казанском и в Андрониеве монастырях. 15 марта 1744 г. в Гамалеевском монастыре был оставлен прежний настоятель, а Герман временно был помещён в Густынский Свято-Троицкий женский монастырь на «честную и нескудную порцию против трёх братов». Когда оказалось свободно место архимандрита в Нежинском Благовещенском монастыре, на это место 2 марта 1746 г. был назначен Герман. По его «представлениям» в 1746–1749 гг. Киевские митрополиты ходатайствовали о возвращении Нежинскому монастырю завещанных ему Стефаном Яворским денег и книг «для репарации» монастырских церквей.