В итоге войско крестоносцев, используя стенобитные орудия и вырыв подкоп, взяли город после двухнедельного интенсивного штурма, затем учинили в городе жестокий погром, выманили из крепости и расправились с Вячко и его ближайшим окружением. В этой расправе принимал активное участие и Герман Буксгевден, а после захвата Юрьева в 1224 г. он был назначен на должность главы дорпатской епархии. Главной целью, которую преследовали его старшие родственники, назначая его на этот пост (например, тот же епископ Альбрехт из Риги), было обеспечение надёжного противовеса возрастающему влиянию датских вооружённых сил, которыми управлял умелый военачальник, король Вальдемар II Победоносный (1170–1241 гг.).  Орден меченосцев также намеревался увеличить свою власть в Эстляндии, захваченной и подчинённой католическим властям. Однако в тот период Альберт и Герман больше сотрудничали с меченосцами против датчан. Епископ Герман 1 декабря 1225 г. получил от императора Священной Римской империи Фридриха II (1218–1250 гг.), сына Генриха VI Гогенштауфена (1190–1197 гг.) титул имперского князя (фюрста) с правом независимой судебной власти, налоговых сборов и правом основать город Дорпат. Однако вскоре между ним и орденом меченосцев вспыхнул конфликт, после чего Герман, опасаясь вторжения и плена, в 1225 г. отправился в Ригу под защиту брата (в 1226 г. он стал помощником епископа Трира). Территориальная тяжба между ним и меченосцами продолжалась долго, а посредником в ней выступило папское доверенное лицо – епископ Семигаллии Балдуин Альнский. Герман получил от папы Римского Григория IX (1227–1241 гг.) официальное разрешение на должность епископа Дорпата только после договора с орденом меченосцев. В 1240 г. он возглавил поход на Ингрию и Псков в рамках Ливонского похода на Русь. Части под его командованием участвовали во взятии псковского замка, крепости в Изборске и Копорья. Однако Герман входил в число тех военачальников, которые повели в бой во время Ледового побоища части немецких и датских рыцарей, вспомогательные части завербованных в Северной Германии наёмников и рыцарей местного ландесмейстерства Тевтонского ордена. Это сражение Герман проиграл Александру Невскому (равно как и другие немецкие командиры). В 1242 г. епископ Герман основал Домский собор в Дорпате, что свидетельствовало о возрастании его авторитета. В целом на своей должности он осуществлял активную экономическую экспансию в Эстляндии, захватывая земли языческих правителей и подчиняя себе их на правах феодала, становясь крупным местным землевладельцем. В 1243 г. епископ Герман выступил одним из инициаторов заключения соглашения между епископом Риги Николаем фон Науеном (ум. в 1253 г.), епископом Эзель-Вика и правителями Ливонского ордена, который косвенно был направлен против русских и датчан. Долгая дипломатическая борьба и датское доминирование в Эстляндии увенчались успехом: в итоге в 1245 г. Герман как глава дорпатской иерархии был освобождён от присяги архиепископу Лунда и стал подчиняться рижскому епископу Николаю.