Германа погребли рядом с Савватием, мощи которого с 1465 г. почивали под спудом справа от алтаря монастырской Успенской церкви («Житие» Германа сообщает о его погребении близ алтаря монастырской Никольской церкви). Согласно «Соловецкому летописцу» по спискам XVIII в., 30 июля 1623 г., при игумене Иринархе (ум. в 1629 г.) совершилось обретение мощей Германа, над захоронением устроили деревянную гробницу (впервые упоминается в монастырской описи 1632 г.). В 1663 г. гробница была перестроена в деревянную часовню, которую в 1753 г. сменила каменная. В 1859 г. на месте часовни была построена церковь во имя Германа (освящена в 1860 г.); над мощами, покоившимися под спудом, установили посеребрённую раку. 21 сентября 1925 г. состоялось вскрытие мощей Германа, сопровождавшееся актами вандализма. В ходе раскопок могильной ямы Германа, проведённых в 2002 г. Владимиром Андроновичем Буровым (род. в 1948 г.), были обнаружены части мощей святого: раздробленные куски черепа, челюстной кости и др. Изъятые мощи Соловецких преподобных хранились в историко-археологическом отделении музея Соловецкого общества краеведения, существовавшего при СЛОН. 19 января 1940 г., после упразднения лагеря, мощи были переданы в Центральный антирелигиозный музей в Москве. После закрытия музея в 1946 г. мощи преподобных вместе с большей частью фондов попали в Государственный музей истории религии и атеизма (ныне Государственный музей истории религии), располагавшийся тогда в Казанском соборе Ленинграда. В апреле 1989 г. мощи Соловецких преподобных были предъявлены церковной комиссии во главе с Ленинградским и Новгородским митрополитом Алексием II (Ридигером, будущим Патриархом Московский и всея Руси). 16 июня 1990 г. состоялась торжественная передача останков преподобных Зосимы, Савватия и Германа православной церкви (они были временно помещены в Троицком соборе Александро-Невской лавры). В ночь с 19 на 20 августа 1992 г. мощи, сопровождаемые патриархом Алексием II (1990–2008 гг.), были перевезены из Архангельска на Соловки, установлены в монастырском Преображенском соборе. 22 августа патриарх освятил надвратную церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, куда и были перенесены мощи трёх соловецких основателей, упокоившиеся под одной сенью. Летом, когда богослужения совершаются в Преображенском соборе, туда переносят и мощи преподобных. 3 апреля 1993 г. было установлено празднование второго перенесения мощей преподобных Зосимы, Савватия и Германа под 8/21 августа – одновременно с празднованием первого перенесения мощей преподобных Зосимы и Савватия. В 1612 или 1615 г. Герман явился во сне священнику Григорию в Старой Тотьме и повелел сложить ему тропарь, написать образ («подобен Александру Свирскому») и построить церковь во имя Соловецких преподобных Зосимы, Савватия «и мене, Германа». В ту же ночь Григорий составил тропарь (опубликован Минея. Июль. Ч. 3.), образ святого он попросил написать иконописца Симеона. «Житие» Германа появилось, очевидно, в Старой Тотьме после описанных событий, вероятно, ранее 1618 г. В пространной редакции «Написания о Соловецкой обители», датируемой 1617/1618 г., Герман уже назван «доблим их (преподобных Зосимы и Савватия) наставником... святым и блаженным» (преподобный не упоминается в краткой редакции этого сочинения, составленной в 1603/1604 гг.).