В конце 1479 г. великий князь прибыл в Новгород, и здесь ему так понравились священники Алексий и Дионисий (тайные вожди ереси), что он взял их с собой в Москву (Алексия сделал протопопом Успенского собора, а Дионисия – священником Архангельского). В Москве, как и в Новгороде, они усердно сеяли своё учение и успели привлечь к нему таких сильных и видных людей, как архимандрит Симонова монастыря Зосима, близкий великокняжеский думный (посольский) дьяк Феодор Курицын и невестка великого князя Елена, супруга его сына Иоанна. Геннадий первым выступил на борьбу с ересью жидовствующих, став для еретиков «яко меч обоюдоостр, посекая студеяние их и яко пламень пожигая плевелы нечестивого замышления их и стадо от таковы прелести свобождая... и душу свою полагая за порученную ему паству». Через полтора года он случайно узнал о существовании в Новгороде какого-то противоцерковного общества (более определённого о ереси тогда ещё архиепископ не знал) и немедленно известил митрополита и великого князя. Государь прислал приказ: «Береги, чтоб то ли¬хо в земли не распростерлось». Тогда архиепископ начал обыск еретиков, во время которого совращённый в ересь священник Наум, раскаявшись, дал Геннадию о ней подробные сведения и даже доставил ему книги, по которым еретики совершали свою службу. При дальнейших розысках святитель открыл всего только четырёх еретиков (двух священников и двух дьяков) из-за их упорного запирательства (они не останавливались даже перед ложными клятвами). Захваченных еретиков архиепископ Геннадий отдал на поруки, но они убежали в Москву. Тогда он отправил вслед за ними обыскное дело с показаниями священника Наума и продолжал обыск. Не получив на своё донесение немедленного ответа ни от митрополита, ни от великого князя, Новгородский архиепископ обратился с просьбой о содействии к некоторым епископам и просил их походатайствовать перед государем и митрополитом, чтобы «делу (о ереси) исправление учинити, занеже ныне как продлилось то дело, обыск ему не крепок чинится... еретикам ослаба пришла, уже наругаются христианству». Затем он описывает эти дерзкие ругательства еретиков над святым крестом и иконами, добавляя, что если и теперь великий князь не обратит внимание на ересь, будет последняя лесть горше первой. В январе – начале февраля 1488 г. на уличённых еретиков, бежавших в Москву, был созван Собор. На этом Соборе троих из них, поименованных Геннадием, по правилам апостольским и отеческим, после низвержения из сана, отлучили от церкви, а великий князь «по правилам царским» подверг их казни, приказав бить на торгу кнутом. После этой казни еретики были посланы к Геннадию для духовного увещания, причём Новгородский архиепископ получил грамоты от великого князя и митрополита. Грамотой государя предписывалось отосланных из Моск¬вы еретиков в случае их нераскаянности посылать к наместникам великого князя для новой казни, а также продолжать с великим прилежанием дальнейшие розыски еретиков, пользуясь содействием наместников, и если кто из уличённых в ереси будет достоин церковной епитимии, на тех её налагать ему, архиепископу, а кто будет достоин по правилам казни, тех для этого отдавать в распоряжение великокняжеских наместников. Получив грамоты, Геннадий ещё усерднее принялся (при ревностном содействии наместников, бояр великого князя) за розыск. Всех раскаявшихся еретиков, которые «свои действа писали на себя сами своими руками», он привёл к покаянию, наложив на них открытую епитимию – во время богослужения стоять перед церковью, но в церковь не входить. Упорствующих же в ереси предал боярам для казни. Но митрополит Геронтий нисколько не позаботился о погибавших от еретического учения, вероятно, сознавая бесполезность, а может быть, и небезопасность своих ходатайств перед великим князем, который находился под влиянием протопопа Алексия и Феодора Курицына.