Тогда митрополит Геронтий освободил Геннадия. Как настоятель Чудова монастыря, он оставил после себя память в истории постройкой каменного храма во имя святителя Алексия с трапезой, которая имела «многие палаты горняя и дольняя, удобны на всяку потребу монастырскую и живущим ту братиям на преупокоение». Во вновь созданном храме, после освящения, с подобающей честью были поставлены на правой стороне «многочудесные мощи святого Алексия митрополита». Впрочем, храм был окончен уже в отсутствие Геннадия: 12 декабря 1484 г. он был избран Новгородским архиепископом «на престол святыя великия Софии» и зимой 1485 г. прибыл в Новгород. Но и там не прекращались его заботы о чудовском храме. Поручив при отъезде попечение о нём «сообщникам своим», родным братьям вельможам Сергию и Димитрию с сыном его Георгием, грекам по происхождению, по фамилии Траханиотам, Геннадий посылал «довольно серебра» из Новгорода «на совершение церкви и трапезы и прочих палат». Среди новгородцев, недавно (в 1478 г.) утративших свою независимость, было глухое, затаённое раздражение против Москвы. Кроме этой общей, были и частные причины, вызвавшие враждебную настроенность новгородской паствы, особенно клира: отнятие в 1478 г. великим князем десяти волостей у Новгородского архиепископа и поло¬вины волостей у шести наиболее богатых монастырей, а также низведение в 1480 г. с кафедры будто бы за тайную связь с враждебной Москве Литвой любимого Новгородского архиепископа Феофила, ходатая за них перед великим князем. Конечно, новгородцы не могли смотреть дружелюбно на нового, уже второго, владыку, поставленного великим князем Московским и митрополитом Геронтием, а не выбранного ими из новгородцев, как это делалось раньше в продолжение трёх с лишним столетий. В самом клире, долгое время лишённом архипастырского руководства, замечались нестроения, а в Новгородской церкви свила себе гнездо ересь жидовствующих. Борьба с ней составляла главную заботу архиепископа Геннадия за всё его время на Новгородской кафедре. Ересь была занесена в Новгород в 1470–1471 гг. евреями, выходцами из Литвы. Она состояла в отрицании догмата Пресвятой Троицы и признании только Единого Вседержителя. Жидовствующие учили, что Иисус Христос есть не Бог, не истинный Мессия, а простой человек, Которого распяли евреи, и Который истлел во гробе. Мессия ещё только придёт и будет также простым человеком, пророком, подобным Моисею и Давиду. А поскольку Мессия ещё не пришёл, то надо держать закон Моисеев. Отрицая Божество Христа, жидовствующие отрицали и церковные установления: отвергали таинства, посты, праздники, почитание Божьей Матери, святых угодников, кощунственно относились к святым иконам, а также честному кресту и мощам, отвергали храмы и вообще священные предметы, ненавидели монашество. Признавая Страшный суд и воскресение мёртвых, он учили, что «судити имать Бог Вседержитель». Среди них находились и люди, не вполне разделявшее их учение, а только отчасти, в зависимости от степени своего вольномыслия, и, главным образом, отрицавшие обряды. Жидовствующие занимались тайными науками, звездочётством и чернокнижием, и, вероятно, ими больше чем своим учением привлекали к себе православных. Первыми последователями ереси были видные новгородские священники Дионисий и Алексий. Распространяясь сначала, главным образом, среди духовных лиц, ересь затем проникла и в среду мирских людей и, оставаясь неизвестной в течение 17 лет, успела из Новгорода перейти в Белоозеро, в скиты и монастыри Вологодского края и даже в Москву.