Добрые дела не должны совершаться напоказ, ради прибыли или в надежде на обретение вечной жизни; их следует делать «…ради славы Божьей, раскрытия и украшения нашего призвания, выказывания благодарности Богу и для блага нашего ближнего». Таким образом, добрые дела, совершаемые «по вере», угодны Богу, но «не столь необходимы для спасения, что без них никто бы не спасся». Господь вознаграждает того, кто творит добрые дела (Иер. 31:16), но эта награда не по заслугам, а по милости Божьей, и всякая награда, полученная человеком, скорее, благодать, чем заслуга, т.к. «добро, которое мы совершаем, совершается в большей степени благодаря Богу, нежели нам самим». Гельветическое исповедание утверждает, что церковь существовала всегда, ибо Господь всегда хотел, чтобы люди спасались и достигали познания истины (1 Тим. 2:4). Сама же церковь, по определению Гельветического исповедания, есть «собрание верующих, призванных и взятых из мира; сообщество всех святых, а именно тех, кто истинно знает и должным образом поклоняется и служит истинному Богу во Христе Спасителе посредством Слова и Святого Духа и кто верою становится причастником всех благ, которые свободно предлагаются во Христе». Об этом «сообществе святых» говорится и в Апостольском Символе веры: «Верую в Святую Кафолическую Церковь, в общение святых». Церковь является кафолической, «ибо она суть вселенская... пребывает вовеки и не ограничена ни временем, ни местом». В Гельветическом исповедании утверждается, что церковь – единый организм, она «не разделяется или не раздирается на части, но скорее, различается несхожестью и многообразностью своих членов». Тем не менее, церковь может быть воинствующей – земной и торжествующей – небесной. Первая на земле «ведёт войну против плоти, мира и князя этого мира, равно как и против греха и смерти». Вторая освобождена от этой борьбы, т.к. «находится на небесах и торжествует над всеми побеждёнными ею врагами, радуясь пред лицом Господа». Обе церкви имеют общение и союз друг с другом. Воинствующая церковь состоит из многочисленных поместных общин, но все они едины в рамках кафолической церкви. Воинствующая церковь существовала всегда, но была по-разному устроена при патриархах, Моисее и Христе. Святая кафолическая церковь, «храм Бога живого» (2 Кор. 6:16), основана на камне (Мф. 16:18), который не поколеблется (Евр. 12:28), так что никто не сможет положить ей другого основания (1 Кор. 3:11). Основа церкви – пророки и апостолы, а краеугольный камень – «столп и утверждение истины» (1 Тим. 3:15) – Христос. Церковь называется также Телом Христовым «потому, что верующие суть живые члены Христа». Иисус Христос – единственный Глава церкви, и никакого другого «вселенского пастыря» у неё быть не может (выпад против папы Римского). Учитывая, что количество церквей и сект, считающих себя таковыми, в период ранней Реформации постоянно росло, Гельветическое исповедание предлагает следующие критерии для определения истинной церкви: «Мы учим, что в истинной Церкви можно обнаружить определённые знаки и в особенности законное и искреннее проповедование Слова Божьего, донесённое до нас Писаниями пророческими и апостольскими, которые ведут всех нас ко Христу… Они признают Христа единственным Главой и основанием Церкви и, полагаясь на Него, ежедневно обновляются покаянием, в терпении неся крест, который был возложен на них… Соединяясь с другими членами Христа в непритворной любви…, они участвуют в Таинствах, установленных Христом и переданных нам от апостолов, не используя их иначе, чем приняли от Самого Господа». Гельветическое исповедание утверждает, что спасения вне церкви (т.е. вне Христа) быть не может. Однако не все те, кто посещают богослужения и считают себя членами церкви, являются искренне верующими, «поэтому Церковь Христова совершенно справедливо сравнивается с сетью, наполненной рыбами разного вида, и с полем, на котором растут и добрые семена и плевелы (Мф. 13:26, 47)».