В 1200 гг. Прошьяны оборудовали монастырский комплекс системой водоснабжения. В те времена Гегард был также известен как «Монастырь семи церквей» и «Монастырь сорока алтарей». Со всех сторон его окружают скалы, пещеры и хачкары. Некоторое время монастырь не был действующим, а главная церковь зимой использовалась как убежище от карапапахских (азербайджанских) кочевников до того, как был приведён в прежнее состояние несколькими монахами из Эчмиадзина после присоединения к Российской империи. До наших дней действующие церкви монастыря являются объектом паломничества и одной из главных достопримечательностей Армении. Гегард известен также и реликвиями, которые в нём хранились. Самая важная из них – копьё, которым сотник Лонгин пронзил тело Иисуса Христа, распятого на Кресте, как считается, привезённое апостолом Фадеем, отчего и произошло название монастыря, которое используется и по сей день, – Гегардаванк, впервые записанное в документальном источнике в 1250 г. На конце рукоятки копья имеется присоединённая к ней ромбовидная пластина, на которой вырезан греческий крест с расширяющимися концами. В 1687 г. для копья, хранящегося сейчас в сокровищнице Эчмиадзина, был изготовлен специальный оклад из серебра, позолоченный снаружи, который является характерным для Армении XVII в. изделием ручной работы. Реликвии апостолов Андрея и Иоанна были подарены в XII в. Это обстоятельство сделало монастырь популярным местом для паломничества армян в течение многих веков. Благочестивые посетители в течение последующих веков одаривали монастырь землёй, деньгами, рукописями и т.д. Кроме легендарного копья, в Гегарде не уцелело ни одно произведение прикладного искусства. В одной из пещерных келий в XIII в. жил известный армянский историк Мхитар Айриванеци. Над главным (западным) входом расположены небольшие пещерные кельи, часовни, хачкары и иные сооружения, высеченные в склоне холма. Сразу после входа находятся крепостные валы, защищающие комплекс с трёх сторон, а также утёсы, которые защищают четвёртую сторону. Пройдя через комплекс, можно увидеть второй (восточный) вход, за пределами которого находится плита для совершения ритуальных жертвоприношений животных (матаха), а также мост через ручей. Одно- и двухэтажные служебные помещения, расположенные по периметру монастырского двора, со времён их постройки были дважды перестроены (впервые – в XVII в., затем – в 1968–1971 гг.). Известно, что большинство монахов жило в кельях, выдолбленных внутри скалы, за пределами крепостной стены. На всём протяжении скалы покрыты вырезанными в них хачкарами. Более двадцати различных по форме и размерам структур было выдолблено в прочном скальном массиве, окружающем главные пещерные сооружения. Те из них, что находятся в западной части комплекса, предназначались для служебных целей, остальные – прямоугольные часовни с полукруглыми апсидами, а также алтарь. Есть спаренные и тройные часовни с одним входом, некоторые из входов орнаментированы резьбой. Имеется много (часто богато орнаментированных) хачкаров, высеченных в скале и на стенах сооружений или установленных на земле, в пределах монастырского комплекса (в память об умерших или в ознаменование празднований по случаю дарения).