Епифаний Кипрский в сочинении «Против ересей» предпринял попытку описать все известные ему еретические движения (в том числе и гностические) и установить между ними генетическую связь. При этом он не только сохранил фрагменты утраченных сочинений других церковных ересиологов, но и привёл многочисленные выдержки из сочинений гностиков, а также описал собственный опыт общения с некоторыми из них. Сокращённая редакция этого сочинения, составленная вскоре после его смерти, стала впоследствии источником для более поздних христианских авторов, обращавшихся к истории еретических движений. Среди приводимых Епифанием выдержек из гностических сочинений наибольшую ценность для исследования гностицизма представляет «Послание к Флоре», составленное валентинианином Птолемеем. В то время как перечисленные сочинения II–IV вв. сочетают заимствования из предшествующей ересиологической традиции с уникальными свидетельствами и выдержками из оригинальных гностических текстов, описания гностических систем и истории гностицизма у более поздних ересиологов, в основном, воспроизводят сведения, уже известные по трудам более ранних авторов. Таковы «Краткий обзор бредовых еретических басен» Феодорита Кирского (386/393 – 457 гг.), трактат «О ересях» Августина Блаженного (354–430 гг.) и вторая часть «Источника знания» Иоанна Дамаскина (около 650 – 754 гг.). Однако антиманихейские трактаты Аврелия Августина и Феодора бар Кевани (VIII в.) содержат важные сведения о связанных с гностицизмом движениях манихеев и мандеев. Некоторые данные об истории гностицизма и о церковной полемике с ним приводит Евсевий Кесарийский в «Церковной истории». Дополнением к свидетельствам о гностицизме христианских полемистов служат трактат основателя неоплатонизма Плотина (204/205 – 270 гг.) «Против гностиков», а также некоторые высказывания его ученика и биографа Порфирия (232/233 – 304/306 гг.). Перечисленные сочинения христианских ересиологов были основным источником научных представлений о гностицизме до конца XIX в. Содержащиеся в них цитаты из писаний гностиков представляют собой небольшую часть обширной литературы гностицизма, возникшей во II–III вв. и значительно превосходившей по объёму церковную письменность того времени. Впервые более или менее полные тексты гностических трактатов попали в поле зрения исследователей только в XIX в., когда были изданы коптские рукописи – Аскевианский и Брукианский кодексы. Аскевианский кодекс был приобретён в конце XVIII в. Британским музеем у наследников некоего доктора Аскью, от имени которого и получил своё наименование (кодекс датируют IV в.). Содержащийся в нём текст (коптский перевод написанного изначально по-гречески гностического трактата «Вера Премудрость») был подготовлен к изданию М.Г. Швартцем и издан в 1851 г. уже после его смерти. Брукианский кодекс назван по имени шотландского путешественника XVIII в. Джеймса Брюса (1730–1794 гг.), который в 1769 г. приобрёл эту рукопись в Верхнем Египте у местных жителей. Рукопись содержит текст, имеющий надписание «Книга великого таинственного Логоса» и известный как «Книги Иеу», поскольку под этим названием его цитирует трактат «Вера Премудрость». Также в Брукианском кодексе есть несколько фрагментов, не имеющих особого надписания (в изданиях и научной литературе они обычно упоминаются как «Текст без названия»). Впервые тексты Брукианского кодекса были изданы в 1891 г. Эмилем Клеманом Амелино (1850–1915 гг.). Ещё одна коптская рукопись (так называемый Берлинский папирус, найденный в 1896 г., но впервые опубликованный только в 1955 г.) содержит гностические трактаты «Евангелие от Марии», «Тайное учение Иоанна», «Премудрость Иисуса Христа» и «Деяния Петра».