Церковные авторы также видели в гностицизме христианство, но искажённое и стоящее в оппозиции к церкви, чему, по-видимому, способствовали такие характерные для гностицизма особенности, как претензия на обладание исключительным «знанием», непризнание единой нормы в богословии, в культовой практике и организации общин, свободное использование небиблейских традиций, а также явная полемика самих гностиков с церковью. В то же время характер связи гностицизма с христианством в научной литературе остаётся предметом полемики: был ли он «острой эллинизацией» первоначального христианства, разновидностью христианства, оппозиционной по отношению к той, что отражено в ранней патристике, или нехристианской по происхождению позднеантичной религией, воспринявшей некоторые христианские элементы. Эта проблема осложняется отсутствием ясности в употреблении терминов «гностицизм» и «гнозис». Термин «гностицизм» возник в литературе Нового времени и первоначально применялся для обозначения всей совокупности ересей первых веков христианства. До настоящего времени во многих исследованиях он употребляется как синоним термина «гнозис», однако, по мнению ряда учёных, такое словоупотребление не оправдано, поскольку вызывает терминологическую неясность, связанную, прежде всего, с неопределённостью понятия «гнозис». Так, в языке древних церковных авторов им часто обозначаются все еретические учения, включая и те, которые не имеют отношения к гностицизму (например, эбионитов). При этом он нередко снабжается пейоративными (уничижительными) эпитетами для отличия от «истинного гнозиса», сохраняемого в церкви. Кроме того, в имеющихся источниках нет примеров использования термина «гнозис» самими гностиками в качестве самоназвания. Наконец, используемое в исследовательской литературе понятие «гнозис» не имеет чётких границ и нередко включает самые разнородные явления вплоть до различных философских течений XIX–XX вв. Поэтому во избежание возникающей терминологической неясности на Международном коллоквиуме по проблемам гностицизма, состоявшемся в 1966 г. в Мессине, было предложено обозначать термином «гностицизм» «определённую группу религиозных систем II в.», а термин «гнозис» употреблять в значении «знание божественных тайн, которое доступно только избранным». Таким образом, предлагается отличать «гнозис» как специфический тип религиозного сознания от одной из его конкретных исторических реализаций – гностицизма. Такая терминология позволяет, с одной стороны, отличить гностицизм от независимых от христианства форм гнозиса, наблюдаемых, например, в герметизме (течения, названного по имени Гермеса Трисмегиста), с другой стороны – от идеи истинного христианского гнозиса, выраженного, например, в сочинениях Климента Александрийского (около 150 – после 215 гг.). Исследование гностицизма (причин его возникновения и истории развития) производится на основании двух типов источников. Во-первых, внешние свидетельства о нём, главным образом, трактаты и отдельные высказывания христианских писателей, полемизировавших с ним (к этой же группе относятся антигностические сочинения и высказывания неоплатоников Плотина и Порфирия). Во-вторых, прямые свидетельства, т.е. сохранившаяся гностическая литература. В качестве дополнительных источников привлекаются тексты манихеев и мандеев, некоторые трактаты герметического корпуса и целый ряд раннехристианских, главным образом, апокрифических, текстов, которые, возможно, отражают отдельные гностические идеи: Оды Соломона, Псевдоклементины, апокрифические деяния апостолов.