В трёх политических сочинениях (по поводу прусского права, о вюртембергском внутреннем управлении и «критике германских учреждений») доказывает, что вследствие отсутствия всякого действительного единства в военном и гражданском устройстве Германии и после потери религиозного единства, вследствие Реформации, Германия не существует как одно реальное целое. В действительности она не есть реальное государство, а только государство мысленное, в противоположность с действительностью. Гегель объясняет этот факт, как необходимо вытекающий из свойств немецкой нации, не считая его, однако, окончательным и неизбежным роком для Германии. Он предлагает рациональное устройство Германской империи, основанное на взаимодействии центральной власти и народа, в форме представительного правления. После смерти отца (1799 г.) Гегель получил небольшое наследство, которое (вместе с его собственными сбережениями) позволило ему отказаться от преподавания и вступить на поприще академической деятельности. В 1801 г. он переселился в Йену, где был профессором его друг Фридрих Шеллинг. Вдвоём они стали издавать «Критический журнал философии», где большая часть статей принадлежала Гегелю. В представленной им pro licentia docendi диссертации «De orbitis planetarum» утверждалось мимоходом, против Иоганна Кеплера (1571–1630 гг.), что между Марсом и Юпитером нет необходимости предполагать какое-нибудь планетарное тело (однако в том же году первый астероид Церера был открыт итальянским астрономом Пьяцци в Палермо). Вскоре после своего приезда в Йену, Гегель напечатал сочинение о различии между философией Иоганна Готлиба Фихте (1762–1814 гг.) и Фридриха Шеллинга, где заявляет себя вполне солидарным с Шеллингом. Таким же является он и в очерке своей философской системы, которую начал излагать ещё во Франкфурте-на-Майне, а окончил в Йене (это сочинение осталось ненапечатанным). После 1803 г., когда Шеллинг переселился в Баварию, Гегель, не изменяя ничего в содержании своей системы, признал необходимым излагать её чисто философски, через диалектическое развитие понятия, а не основываться на одном проблематическом «умственном созерцании» истины. В этом пункте он разошёлся с Шеллингом, хотя продолжал с ним дружескую переписку ещё несколько лет. В университете Гегель после отъезда Шеллинга стал читать курс философии – totam philosophiae scientiam, состоявший из трёх частей: логика (с метафизикой), философия природы и философия духа (уже тогда сущность его учения вошла в свою окончательную форму). Смутное время, наступившее в 1806 г., когда Йена была занята сначала прусскими, а потом французскими войсками (причём Гегель сочувствовал больше французам, нежели пруссакам), побудило его покинуть этот город. В это время он впал в такую бедность, что Иоганн Вольфанг фон Гёте (1749–1832 гг.) поручил одному их общему приятелю ссудить его суммой до шести талеров. В 1807 г. Гегель переехал в Бамберг (Бавария), где издал своё лучшее сочинение – «Феноменология духа», написанную в Йене (закончил в октябре 1806 г. во время битвы за Йену). В предисловии он уже открыто выступает против школы Шеллинга. В Бамберге Гегель стал редактором местной газеты, которую вёл в официозно-французском духе, т.к. Бавария была тогда в вассальных отношениях к Наполеону. В следующем году он получил место директора Нюрнбергской гимназии, где по тогдашнему уставу должен был, между прочим, преподавать в старших классах философию, чем он очень ревностно занимался в течение восьми лет. В 1811 г. Гегель женился на Марии фон Тухер, семья которой принадлежала к баварской знати.