Славу Гарнаку принёс, главным образом, его трехтомный «Учебник истории догматов» (1886–1889 гг.), который вышел четвёртым изданием в 1909–1910 гг. Он содержит обширный материал по патристике и экзегетике, анализ догматических исканий христианства до времён Мартина Лютера (1483–1546 гг.). Опираясь на протестантскую идею исключительного авторитета Священного Писания, Гарнак рассматривает новозаветные вероизложения как формы человеческой интерпретации учения Христа, обусловленные конкретно историческими обстоятельствами. Отсюда следовал его подход к христианству как исторически эволюционирующей религиозной традиции, совместившей набор евангельских истин с их последующей церковно-догматической обработкой. Обоснование этой позиции можно найти в трёхтомном исследовании «История раннехристианской литературы до Евсевия», работе «Миссия и распространение христианства в первые три столетия» и др. В систематизированном виде воззрения Гарнака на христианство изложены им в курсе из лекций, прочитанных студентам Берлинского университета зимой 1889/1890 гг. (они позже вошли в книгу «Сущность христианства»). В отличие от теологической экзегезы, Гарнак применял к христианскому вероучению способ исторического исследования, что позволило ему различить в христианстве «ядро» религии Иисуса и последующие наслоения – религию об Иисусе. Такие наслоения, по его мнению, уже видны у апостола Павла, как внесение манеры эллинистического философствования в изначальное благовествование. Гарнак считал, что исторически сложившиеся разновидности христианства можно уподобить ветвям одного дерева, которые далеко ушли от корня, часто искривлённых и усохших. Но историчность форм религии не отменяет вневременного присутствия в любой из них неизменных истин, которые и составляют сущность христианства. Извлекая по документальным источникам неизменное из исторического, Гарнак обобщает учение Христа в трёх ключевых тезисах: абсолютная ценность человека, как творение Бога Отца; реальность наступления Царствия Божьего, и Его открытость всем уверовавшим; заповедь любви, как высшую праведность. Очевидный антропоцентризм такого «ядра» требует критического отношения к идее божественности Иисуса Христа, к библейским чудесам и вообще ко всему сверхъестественному. Гарнак отвергал божественность Христа, отрицал все библейские чудеса, включая воскресение. «Церковной» теологии, догматическому христианству он противопоставлял «евангелическое христианство», нравственное евангельское учение как идеал, в котором воплощена цель исторического процесса и который должен быть положен в основу общечеловеческой морали, всех индивидуальных и общественных действий человека. В то же время, евангельское основоположение Гарнак считал подлинным и потому безусловно истинным. Они не могут быть опровергнуты никакой научной критикой. Таким образом, учение Христа воплощает идеализированную нравственную цель и должно стать руководством для всех индивидуальных и общественных действий верующих людей. Гарнак полагал, что в религии заключено главное содержание культуры, но он не был согласен с претензией христианства на всеобщность охвата религиозной и духовной жизни. Общий тон воззрения автора – пессимистический, пафос его деятельности – стремление преодолеть разрыв между современным обществом и христианской религией. Либеральный протестантизм стимулировал развитие «социального христианства» с его устремлением к «Царству Божьему на земле» на путях общественного прогресса, воспитания человечества.