Гамалея хорошо знал латинский, немецкий и некоторые из восточных языков (он перевёл все 22 тома творений Якова Бёме). Посылая одному из корреспондентов перевод книги о «Тройственной жизни человека», он пишет: «Желаю вам читать оную во славу Божию и в пользу вашу вечную, не сказывая при том никому о сей книге и не показывая её никому». Он же подготовил к публикации «Серафимовский цветник, или духовный экстракт из всех писания Якова Бёме». В письмах С.И. Гамалея исследователи находят высказывания о христианской мистике, строгом аскетизме, тайной философии, комментарии в мистическом смысле к цитатам из Священного Писания. Он развивал идеи о существовании человека одновременно в трёх мирах: «огненном», когда происходит стремление к действию, владению; «наружном», пекущимся об имуществе, и «светлом» – о духе Христовом. Он писал о суете мирской, о пользе молитвы, о кротости и смирении, о своей воле, о свете мирском и Божественном, о трудности обуздать «скотскую» жизнь, о необходимости изучения себя. Вместе с Н.И. Новиковым С.И. Гамалея занимался сбором подписей на прошение в Берлинский розенкрейцерский капитул о принятии русских масонов в розенкрейцерство, а затем способствовал учреждению этого Ордена в Москве. В среде самого масонства Гамалея был в числе старших масонских братьев и принимал участие в управлении Московским масонством, входя в состав главного капитула. Он же был основателем и «великим мастером» масонской ложи в Туле, имел отношение к другим провинциальным ложам, в частности, в Могилеве и Казани. Управляемая им московская ложа «Девкалион», открытая 21 октября 1782 г., состояла, по-видимому, из 15 лиц. В речи на открытии ложи, опубликованной в «Магазине Свободных Каменщиков», он подчёркивал: «Роскошь, гордость, корысть, леность – суть тираны, держащие в узах бедного человека, самоизвольно предающегося их власти. Область их пространна, весь мир порабощён ими». Далее он приводил мысль о необходимости думать о будущей жизни. Последние 30 лет Гамалея безвыездно проживал в селе Авдотьино Бронницкого уезда Московской губернии (в настоящее время с. Авдотьино Ступинского района Московской области), где умер и похоронен. На склоне лет Семён Иванович вёл жизнь аскета и строгого мистика, был молчалив и казался суровым, но был при этом был исполнен любви и привета. Его строгость сказывалась даже в мелочах. Так, например, архитектор Александр Лаврентьевич Витберг (1787–1855 гг.) не мог уговорить Гамалея дать разрешение на написание его портрета. Он же рассказывал о неком Карамышеве, который был человеком без веры. Ему советовали поговорить о бессмертии души с Гамалеем. Карамышев встретился с Семёном Ивановичем, будучи уверенным в своей правоте. Видя перед собой «маленького старичишку», Карамышев начал беседу, едва сдерживаясь от смеха, но затем его пренебрежение сменилось вниманием, а потом перешло в уважение. Не прошло и пяти минут, как Гамалея вполне убедил посетителя в необходимости пересмотреть свои взгляды, несмотря на все предрассудки, с которыми Карамышев пришёл. Обширная переписка С.И. Гамалеи с Н.И. Новиковым, А.П. Лопухиным, Ф.П. Ключарёвым, И.С. Тургеневым, Д.П. Трощинским, Н.М. Карамзиным и другими напечатана друзьями уже после его смерти, в 1832 и 1836–1839 гг.