В результате принятия нескольких решений о приостановке подчинения французской церкви папе Римскому (в 1398–1403, 1407–1409 гг.) произошёл возврат к практике выборов епископов и раздачи бенефициев через ординарных коллекторов. На ассамблеях французского духовенства, созванных королём (в 1396, 1398 и 1406 гг.), были провозглашены «союз короля и его духовенства», восстановление системы выборов и раздачи бенефициев, лишь утверждаемых папой, возврат к древним свободам церкви Франции. Впервые французскими прелатами была высказана идея контроля Парижского парламента над папским законодательством, касающимся Франции, что в дальнейшем превратило Верховный суд страны в «хранителя галликанских свобод». Ордонанс от 18 февраля 1407 г. о «восстановлении древних свобод Церкви Франции» стал первым опытом организации управления церковью в соответствии с принципами галликанизма. Он отразил соглашение короля и духовенства о необходимости контроля и ограничения посягательства Рима на древние свободы церкви во Франции. Теперь парламент мог судить дела и конфликты, связанные с выборами епископов и аббатов. Последовавшие Констанцский собор (1414–1418 гг.), положивший конец схизме в католической церкви, и Базельский собор (1431–1449 гг.), подтвердивший принципы концилиаризма, способствовали укреплению идей галликанизма. После роспуска Базельского собора, решения которого были отвергнуты папой Евгением IV (1431–1447 гг.), король Карл VII (1422–1461 гг.) пренебрёг волей папы и созвал в Бурже Собор французского духовенства, который принял Буржскую прагматическую санкцию  (1438 г.), закрепившую решения Базельского собора и ставшую доктринальной основой галликанизма. Надзор за осуществлением положений Прагматической санкции был возложен на Парижский парламент, что послужило основанием для формирования парламентского галликанизма, отличавшегося большим радикализмом. В 1450 г. был созван Собор духовенства в Шартре для проверки законности статей Прагматической санкции. С этой целью и была создана ложная «Прагматическая санкция Людовика Святого», датированная 1269 г., в которую вошли многие постановления, действительно принятые в XIII в. 27 ноября 1461 г. Людовик XI Валуа (1461–1483 гг.) приостановил действие Прагматической санкции 1438 г., что вызвало протест парламента, составившего в ноябре 1465 г. текст возражения (ремонстрации), где защищался принцип свободы выборов и освобождения от аннатов (т.е. всех сборов, поступающих в папскую казну со вновь представленных бенефициев). Этот текст (89 статей) явился наиболее полным выражением парламентского галликанизма и использовался его защитниками в эпоху Реформации и религиозных войн во Франции.  До конца XVI в. парламент в петициях королю настаивал на своём праве утверждать публикацию папских посланий и въезд папских легатов во Францию. Вмешательство парламента в церковные дела вызывало недовольство епископов, в том числе и сторонников галликанизма. Параллельно развивался богословский галликанизма, центром которого стал богословский факультет Парижского университета. Для его представителей главным был тезис о том, что папа Римский не безошибочен в определениях, касающихся вопросов веры и нравственности. Национальный Собор французской церкви (Орлеан, 1478 г.), ассамблеи духовенства (Лион, 1479 г.; Санс, 1485 г.; Тур, 1493 г.; Орлеан и Тур, 1510 г.), Генеральные штаты (Тур, 1484 г.) напоминали о принципах галликанизма и об особом статусе католической церкви во Франции. Однако королевская политика отличалась большей гибкостью и поиском путей согласия с папством для дальнейшего подчинения французского духовенства власти короля. После долгой борьбы Риму удалось добиться отмены Прагматической санкции 1438 г.