Именно в XIII в. впервые входят в употребление выражения «галльская Церковь» (Ecclesia gallicana), «прелаты Франции» (prelati Franciae). Непосредственное зарождение галликанизма и его переход на уровень теоретической полемики традиционно связывается с конфликтом между папой Бонифацием VIII (1295–1303 гг.) и королём Филиппом IV Красивым (1285–1314 гг.). С этого времени разногласия между Римом и Францией выходят за рамки споров о конкретных вещах и превращаются в многовековую дискуссию о принципах разделения светской и духовной властей, о праве Римского папы вмешиваться и решать церковные вопросы во Франции. В ответ на буллу Бонифация VIII «Unam Sanctam» (18 февраля 1302 г.), излагающую учение о превосходстве духовной власти над светской, Филипп IV ответил поддержкой концепции, базирующейся на римском праве и заключающейся в идее абсолютного разделения светской и духовной властей. В результате конфликта короля Филиппа IV Красивого с папой Бонифацием VIII были ограничены вывоз десятины из Франции в Рим и право папы вмешиваться в суверенное право короля в светских делах. В анонимном трактате, который называется по первым строкам «Antequam essent clerici…» («Пока не станут клириками…»), защищавшем особое положение французского духовенства по отношению к Риму, говорилось, что миряне и клирики – части одного тела церкви, а свободы, вольности и привилегии духовенства предоставлены королём и поэтому могут быть им изменены и даже отменены. Французскими легистами, в свою очередь, разрабатывался тезис, что ни король, ни его служители не могут быть отлучены от церкви за решения, принятые ими при исполнении их функций. Легисты напомнили также о свободах древней церкви во Франции, например, о праве выбирать епископов и аббатов, которые распоряжались бы бенефициями. Показательно, что на ассамблее духовенства 31 января 1297 г. большинство из 77 французских прелатов также заявили о приверженности свободам галликанской церкви. Речь легиста Пьера Флота (1250–1302 гг.) на Генеральных штатах 1302 г. традиционно считается первым выражением теории галликанизма. Депутаты трёх сословий 10 апреля 1302 г. поддержали короля, однако были враждебно настроены не столько в отношении папы, сколько в отношении Римской курии, которую обвиняли в незаконном желании господствовать над французской церковью. Идеи галликанизма получили развитие в трудах богословов и юристов, связанных со службой королю. Согласно трактату Иоанна Парижского (ум. в 1306 г.) «De potestate regia et papali» («О власти королевской и власти папской», 1302–1303 гг.), король получает власть непосредственно от Бога, без посредничества папы, поэтому он абсолютно независим от папы в светских делах. Сутью королевской власти провозглашалось обеспечение общего блага подданных. Идея превращения духовенства в орудие в руках государства нашла выражение в трудах легиста Пьера Дюбуа (около 1255 – после 1321 гг.), который отрицал право папы смещать королей или освобождать его подданных от клятвы верности, а в трактате «De recuperatione Terrae Sanctae» («Об отвоевании Святой земли») провозгласил идею верховенства церковного Собора над папой. Парижские теологи Марсилий Падуанский (между 1275 и 1280 – около 1343 гг.) и Жан Жанден (ум. в 1328 г.) впервые обосновали доктрину суверенитета светской власти, её независимости от власти духовной и принцип подчинения национальной церкви власти короля. В их трактате «Defensor pacis» («Защитник мира», 1324 г.) католическая церковь описывалась как общественный институт, зависимый от государства, которое, в свою очередь, было призвано гарантировать одновременно и материальное благополучие, и духовное спасение своих членов.