Я.Я. Галахов был арестован чекистами в Омске 9 апреля 1920 г., 5 июля 1920 г. в Омском ГубЧК был обвинён в контрреволюционной и религиозной деятельности, 5 июля того же года решением Омской ГубЧК освобождён, но не оправдан. С этого времени в его документах появилась отметка, что он принимал «участие в белом движении». После возвращения в Томск с июня 1920 г. по май 1921 г. он – настоятель Троицкого кафедрального собора, главного храма губернии. Активно протестовал против «экспроприаций» большевиками церковных ценностей, чем вызывал сильное раздражение властей; это вылилось (в том числе) в публикациях в губернской коммунистической газете «Красное знамя». С мая по август 1922 г. Я.Я. Галахов, в составе группы из 33 томских священнослужителей и мирян во главе с архиепископом Виктором (Богоявленским; 1854–1928 гг.), был арестован как «злостный церковник», сидел в томской тюрьме. В августе приговором Томского губернского Ревтрибунала приговорён к революционной репрессии (расстрелу) с полной конфискацией личного имущества. Однако затем, по ноябрьскому решению Сибтрибунала, приговор был изменён с расстрела на наказание в виде пяти лет заключения в каторжную тюрьму. С ноября 1922 г. по 1924 г. содержался в печально знаменитой каторжной тюрьме «Александровский централ» (Александровский исправительный дом заключений, Александровский домзак ОГПУ) в Иркутской губернии. Вышел из тюрьмы досрочно, по амнистии в соответствии с постановлением Президиума ВЦИК РСФСР о применении частной амнистии от 24 февраля 1924 г. – 4 февраля 1924 г. срок тюремного заключения был сокращён с пяти лет до двух лет и шести месяцев. В декабре 1924 г. церковный совет Троицкого собора Томска предлагал ему вернуться на настоятельское место в этот храм, но Я.Я. Галахов отказался. Он остался жить в Иркутске, начал служить здесь священником, настоятелем городской Благовещенской церкви, активно принимал участие в жизни Русской православной церкви. Во время пребывания в Иркутске именовался митрофорным протоиереем. После выхода июльской декларации 1927 г. – в оппозиции к митрополиту Сергию Страгородскому (1867–1944 гг.), вставшему на путь безусловной лояльности политическому режиму СССР (в результате чего произошёл раскол в РПЦ). 12 апреля 1927 г. «…гражданин Галахов, Яков Яковлевич, русский, беспартийный, родившийся в 1865 году в Тверской губернии, с. Городище, священнослужитель, настоятель Благовещенской церкви в городе Иркутске…» по надуманному предлогу был арестован органами ВЧК/ОГПУ (как вероятный противник советской власти). Особым совещанием при Иркутской Коллегии ОГПУ 1 июля 1927 г. был обвинён по статье 58-13 УК РСФСР в рамках группового «дела епископа Ираклия (Попова и духовенства города Иркутска» и приговорён к трём годам высылки. По этапу отправлен в город Туруханск, посёлок Станок Потаповский (Красноярский край, в то время – Сибирский край). После освобождения в 1930 г. был лишён гражданских избирательных прав и без права жить в шести крупнейших городах СССР. Поселился в Казани. Выбор места жительства исследователи связывают с казанским священнослужителем, казанским митрополитом Кириллом (1863–1937 гг.), его знакомством по туруханской ссылке. В это время он жил у своего сына Николая, который освободился из советской тюрьмы по амнистии в 1927 г. Священнослужители, собиравшиеся в храмах города и церкви при Арском кладбище, выступали за чистоту Русской православной религии, выступали против раскола, связанного с тем, что часть иерархов церкви пошла на сотрудничество. 30–31 августа 1930 г. в Казани началась очередная волна гонений на церковь.