Одновременно с профессорской должностью, в 1918–1920 гг. занимал должность приват-доцент историко-филологического факультета ТГУ, в том числе находясь в сане протоиерея. В этот предреволюционный период много пишет, публикуется в журналах «Вера и разум», «Церковный вестник», «Воскресная благодать», «Вера и жизнь», в газете «Епархиальные томские известия». В своих работах апологетического характера, где он критикует современные ему социальные и политические теории (как социалистические, так и либеральные), Я.Я. Галахов на понятных примерах доказывает, что религиозное мировоззрение не противоречит научному, и современные достижения науки подтверждают истинность христианства. К 1917 г. он имел все предусмотренные для протоиерея награды, включая наградной Напёрстный Крест от Святейшего Синода и орден Святой Анны второй степени. Преподавательская деятельность в университете и в технологическом институте предполагала и научную богословскую деятельность, результатом которой стала книга «О религии», которая в настоящее время (2011 г.) переиздана в Москве под названием «Религиоведение»; она является одной из современных теорий Русской православной церкви и русской духовной культуры. Первая часть этого богословско-философского исследования напечатана по второму, исправленному и дополненному изданию (Томск, 1914 г.), а вторая – по единственному изданию (Томск, 1915 г.). Это исследование – одно из ценных университетских богословских курсов по современному религиоведению. В Томске Я.Я. Галахов познакомился и находился в дружбе с известным русским учёным Николаем Феофановичем Кащенко (1855–1935 гг.). В 1918 г., после падения власти большевиков в Сибири (май-июнь 1918 г.) и введения Сибирского областничества, Я.Я. Галахов – активный участник нового церковного переустройства в Сибири. В 1917–1918 гг. он становится членом Собора Русской православной церкви. В ноябре 1918 г. в Томске состоялось Сибирское церковное совещание. В нём участвовали 13 архиереев России, возглавлявших епархии Поволжья, Урала, Сибири и Дальнего Востока, а также 26 членов Всероссийского Собора из духовенства и мирян. Почётным председателем Совещания избрали митрополита Казанского Иакова (1844–1922 гг.), а председателем – архиепископа Симбирского Вениамина (Муратовского; 1856–1930 гг.). На совещании было образовано (1918 г.) Высшее Временное Церковное Управление во главе с омским архиепископом Сильвестром (Ольшевским; 1860–1920 гг.). В Высшее Временное Церковное Управление вошли архиепископы Симбирский Вениамин (Муратовский), Уфимский Андрей (Ухтомский; 1872–1937 гг.), священники Яков Галахов и Владимир Садовский, профессора П. Прокошев и А. Писарев. Совещание тогда постановило, что после прекращения своей деятельности Высшее Временное Церковное Управление обязано во всём дать отчёт Святейшему Патриарху Всея Руси. Я.Я. Галахов выехал в город Омск, где была определена резиденция Сибирского Временного Высшего церковного управления России. Данное Управление осуществляло всю церковную власть в районах, находившихся вне территорий большевистской власти. В связи с упразднением в ТГУ кафедры богословия, в январе 1918 г. Я.Я. Галахов формально становится доцентом по кафедре церковной истории Томского университета, в реальности же он продолжал жить в Омске, работая в Сибирском церковном управлении. Реальный «русский социализм» сломал судьбу философа и богослова. Молох диктатуры работал на уничтожение христианства в России и в полной мере прошёлся по такой яркой личности, как Я.Я. Галахов. После захвата Омска Красной Армией и установления здесь советской власти основной штаб коммунистов в Красной Сибири (Сибревком) был размещён в Омске, здесь же находились военные и другие штабы.