В 1540 г. Герман I учредил на Синае епископскую кафедру, чтобы ограничить там влияние патриарха Иоакима. В 1544 г. спор патриархов был перенесён в Стамбул, где Герман I при поддержке Константинопольского патриарха Иеремии I (1522–1545 гг.) закрепил свои права на Синай. Однако патриарх Иоаким, воспользовавшись недостойным поведением Синайского епископа Макария, в 1557 г. на Соборе трёх восточных патриархов добился упразднения кафедры, принадлежавшей Иерусалимскому патриархату на Синае, и снова претендовал на покровительство монастырю. Затяжной конфликт был окончательно разрешён в июле 1575 г. на новом Соборе в Стамбуле. Председательствовавший на Соборе Герман I настоял на восстановлении Синайской епископской кафедры, причисленной к диоцезу Иерусалимского патриархата. В его патриаршество возобновились контакты Иерусалимской церкви с Россией. В источниках сохранилось свидетельство о посещении посланцами Иерусалимского патриарха, прибывшими на Русь для сбора милостыни, в марте 1541 г. Новгородского архиепископа Макария. В 1543 г. Герман I, находившийся в Стамбуле, поставил подпись под посланием греческих иерархов к русскому царю с просьбой об освобождении публициста, писателя и переводчика Максима Грека (1470–156 гг.). В 1548 г. Герман I непосредственно обратился в Москву с просьбой о милостыне, патриаршие посланники старцы Даниил и Гавриил прибыли в Россию летом 1550 г. Огромная милостыня была отправлена из Москвы на православный Восток в 1558 г. с посольством архидиакона Геннадия и Василия Позднякова. Весной 1560 г. в Иерусалиме Поздняков вручил царское жалованье Герману I и главам сербских и грузинских монашеских общин Палестины. В последние годы патриаршества Герман I столкнулся с проблемой обеспечения преемства власти, закрепления греческого преобладания в Иерусалимской церкви. Патриарх выбрал в наследники своего племянника монаха Софрония, которого привёз из Стамбула в Палестину. Исследователи полагают, что это вызвало определённое противодействие не только со стороны арабской общины, ещё имевшей значительное влияние на дела патриархата, но и со стороны палестинского духовенства. Сохранилось упоминание о некоем конфликте в 1578 – начале 1579 г. между патриархом, Вифлеемским митрополитом Иоакимом и монахами лавры Саввы Освященного. Для примирения сторон в Палестину приезжали экзархи Константинопольского и Антиохийского патриархов. Между греческими архиереями, сербскими и грузинскими монастырями Палестины и арабской православной общиной было достигнуто соглашение о передаче патриаршей власти от Германа I к Софронию IV (смена патриархов произошла в 1579 г.). Лит.: Малышевский И.И. Александрийский патриарх Мелетий Пигас и его участие в делах Русской церкви. Киев, 1872. Т.1; Каптерев Н.Ф. Сношения иерусалимских патриархов с русским правительством. СПб., 1895. Т.1; он же. Господство греков в Иерусалимском патриархате с первой половины XVI до половины XVIII в. // БВ. 1897. № 5, № 7; Максим Симский. История иерусалимских патриархов со времён шестого Вселенского собора до 1810 г. // Материалы для истории Иерусалимской патриархии XVI–XIX вв. СПб., 1904. Т.2; Макарий (Веретенников), архимандрит. Грамота Иерусалимского патриарха Германа Новгородскому архиепископу Макарию // Иерусалим в русской культуре. М., 1994.