1 марта 1841 г. Григорий XVI утвердил назначенного императором Николаем I в 1839 г. епископа Игнатия Павловского архиепископом Могилёвским, митрополитом римско-католических церквей в России. В том же году папа сообщил Николаю I о согласии принудить к отречению конфликтовавшего с русским правительством и арестованного в 1840 г. Подляшского епископа Яна Гутковского. Желая воспрепятствовать наметившемуся сближению между Российской империей и Римом, польские круги оказывали на Григория XVI влияние при помощи папского архивиста пресвитера А. Тейнера и иезуита пресвитера А. Секки, имевших непосредственный доступ к папе. Основываясь на составленном А. Тейнером сборнике документов о положении католической церкви в России и Польше (опубликованы под названием «Vicissitudes de l'Église catholique des deux rites en Pologne et en Russie». P., 1843), 22 июля 1842 г. в аллокуции «Haerentem diu» Григорий XVI обвинил российское правительство во враждебных действиях против польских католиков. В октябре того же года российское правительство выступило с протестом, отметив, что речь папы на заседании коллегии кардиналов вызвала новые беспорядки, прикрываемые религиозными мотивами. В ответ со стороны государственного секретаря кардинала Луиджи Ламбрускини последовали извинения и заявление Римской курии, что она надеется на продолжение переговоров с Россией. 16 марта 1843 г. Григорий XVI обратился к императору Николаю I с посланием, в котором упоминал о стараниях папского престола в деле воспитания российских и польских католиков послушными подданными императора. В ответном послании папе от 11 июля Николай I перечислил совершённые им в отношении католической церкви в России деяния и подчеркнул, что репрессивные меры против польских католиков имеют политический характер и не затрагивают их религиозных убеждений. Переговоры России с Римом продолжились, с июля 1843 г. с русской стороны их вёл Аполлинарий Петрович Бутенёв (1787–1866 гг.); его деятельность была положительно воспринята Римской курией. Российское правительство пошло на ряд уступок, в том числе касавшихся процедуры избрания кандидата на католические епископские кафедры в Российской империи. Осенью 1845 г., во время поездки на о-в Сицилию, император Николай I выразил желание посетить Рим и встретиться с папой. Накануне встречи Григория XVI с императором в ноябре 1845 г. монах Ордена воскресенцев А. Еловицкий привёз в Рим некую Макрину Мечиславскую, выдававшую себя за игумению униатского василианского монастыря в Минске и рассказавшую о жестоких истязаниях со стороны русских властей и лично епископа Иосифа (Семашко), который якобы избил её за отказ принять православие. История Мечиславской вызвала широкий резонанс в европейском обществе (в английский парламент был подан запрос о религиозных преследованиях в Российской империи, во Франции Мечиславскую принимали как мученицу за веру). 5 ноября Григорий XVI дал аудиенцию Мечиславской и Еловицкому, поручив организовать комиссию по факту гонений на католиков в России. В январе 1846 г. российское правительство на основании проведённого расследования опровергло факт существования женского василианского монастыря в Минске (впоследствии историк иезуит Я. Урбан доказал, что Мечиславская была самозванкой, действовавшей по указке представителей польских политических кругов). Несмотря на приём, оказанный в Риме Мечиславской, 13 и 17 декабря 1845 г. состоялись две личные встречи Николая I с Григорием XVI. Император обратил внимание папы на действия польской эмиграции, препятствовавшей налаживанию отношений России с Римом, и на недопустимость участия польского католического духовенства в революционно-освободительной борьбе.