В 1837 г. новый Кёльнский архиепископ Клеменс Август Фрайхерр фон Дросте-Вишеринг (1837–1845 гг.), следуя указаниям Римской курии, отказался от соблюдения этого соглашения и 20 ноября того же года был арестован по обвинению в государственной измене. Католические епископы Пруссии (кроме Бреславльского епископа Л. Седльницкого) не пошли на уступки в вопросе о смешанных браках, что вызвало ряд новых репрессивных мер со стороны прусского правительства, в том числе арест Гнезненского и Познанского архиепископа Мартина Дунина (1838 г.). Григорий XVI неоднократно выражал протест против действий прусских властей. Была опубликована «Красная книга», содержащая хронологический перечень действий против католической церкви в Пруссии. После смерти прусского короля Фридриха Вильгельма III (1840 г.) новый король Фридрих Вильгельм IV (1840–1861 гг.) согласился пойти на уступки, все требования прусского правительства по смешанным бракам были отменены, в прусском Министерстве образования и культов был создан католический департамент, прусским католическим епископам были дозволены непосредственные сношения с Римом. Вопрос о смешанных браках возник также в Венгрии, где Пештский сейм постановил подвергать денежному штрафу каждого католического пресвитера, который откажется благословить смешанный брак. 30 апреля 1841 г. Григорий XVI направил венгерскому епископату энциклику «Quas vestro», в которой осудил это решение. Твёрдая позиция в данном вопросе папы и венгерских епископов привела к изданию австрийским императором Фердинандом I (1835–1875 гг.) указа, по которому католические клирики не должны были принуждаться к венчанию смешанных браков. В начавшемся в ноябре 1830 г. восстании в Царстве Польском активное участие принимали многие католические клирики и монахи, одной из опор восставших были католические монастыри. Восстание поддержали Люблинский епископ Ян Дзенцельский и Плоцкий епископ Адам Пражмовский. Находившийся вне пределов Царства Польского Краковский епископ Кароль Скорковский осуществлял связь повстанцев с Веной и Римом. 15 февраля 1831 г. Григорий XVI направил польским католикам послание, в котором осудил восставших как нарушителей государственного порядка, установленного Богом. Послание, отвергнутое польскими повстанцами, объявившими его «русской фальшивкой», не удовлетворило правительство Российской империи, которое сочло его недостаточно жёстким. 9 июня 1832 г. папа выпустил энциклику «Cum primum», где повторно осудил восставших и заявил, что он молится о том, чтобы как можно скорее увидеть польские провинции успокоенными и возвращёнными к послушанию законной власти. Император Николай I Павлович через посланника в Риме князя Григория Ивановича Гагарина (1782–1837 гг.) выразил Григорию XVI своё удовлетворение энцикликой, разрешив публикацию составленного на её основе администратором Виленской епархии епископом Андреем Клонгевичем наставления «касательно долга верноподданнического», распространённого в католических приходах Российской империи. 12 февраля 1839 г. в Полоцке представители униатского духовенства во главе с Литовским епископом Иосифом (Семашко), Оршанским епископом Василием (Лужинским) и викарием Литовской епархии, Брестским епископом Антонием (Зубко) приняли соборное постановление о воссоединении с православием. 22 ноября 1839 г. в аллокуции (торжественной речи) «Multa qui Deum» Григорий XVI осудил воссоединение униатов, но не выразил резкого протеста против церковной политики российских властей. В 1840 г. при посредничестве австрийского канцлера Клеменса фон Меттерниха (1773–1859 гг.) начались переговоры между Россией и Папским престолом.