В 1240 г. папа объявил о даровании индульгенций всем, кто примет участие в борьбе с императором, приравняв эти индульгенции к тем, которые были получены за участие в Крестовых походах. Отлучив от церкви императора и объявив его предшественником Антихриста, Григорий IX хотел закрепить это решениями Собора Римско-католической церкви, открытие которого было намечено в Риме на 31 марта 1241 г., однако папа умер в период его подготовки. В целом Григорий IX продолжил политику своих предшественников. В этом ему помогала и вдова французского короля Людовика VIII Капетинга (1223–1226 гг.) Бланка (Бланш) Кастильская (1188–1252 гг.): по всей Франции она выискивает и уничтожает «нечестивцев», выступивших против святой церкви. Наиболее эффективным орудием в руках папы стал нищенствующий Орден доминиканцев, основанный ещё в 1215 г. в Тулузе монахом Доминико де Гусманом (1170–1221 гг.) и утверждённый в 1216 г. папой Гонорием III. Согласно традиции, Григорий IX считался другом основателя Ордена проповедников (Ордена доминиканцев) Доминика де Гусмана и основателя францисканского Ордена Франциска Ассизского (1182–1226 гг.), был первым кардиналом-протектором Ордена францисканцев, взял под опеку основанный Кларой Ассизской (1194–1253 гг.) Орден кларисс, отстаивал независимость францисканских общин от местных епископов. Папа способствовал примирению Тулузского графа Раймона VII с французским королём Людовиком IX Святым (1226–1270 гг.) и дал необходимое разрешение на брак дочери Раймона VII с одним из братьев короля. Несмотря на окончание войны с альбигойцами, одной из главных задач в понтификат Григория IX оставалась борьба с другими еретиками. Григорий IX подтвердил привилегии Ордена камальдулов (1227 г.), узаконил новый устав Ордена кармелитов (1229 г.) и устав Ордена мерседариев (1235 г.). В 1229 г. папа создаёт конгрегацию Священной канцелярии – инквизицию, начало которой было положено ещё на Четвёртом Латеранском соборе, поддерживает миссионерскую деятельность новых монашеских Орденов, в том числе в землях Восточной и Северной Европы. Осенью 1230 г. Григорий IX отправил в Ливонию в качестве вице-легата цистерцианца Балдуина Альнского, которого в январе 1232 г. назначил легатом в область (включавшую Готланд, Курляндию, Семигалию) с предписанием вмешиваться в светские дела христиан на данной территории (в заключение перемирий и в выплаты чинша). В Ливонию и Курляндию с миссиями были отправлены монахи из Ордена премонстрантов. Практически все действия инквизиции с 1232 г. возлагаются на доминиканцев, и они не подводят, крестом и мечом добиваясь послушания папству. Через них папы держали под контролем самые отдалённые уголки католического мира, подавляя любую оппозицию. Из их рядов вышли несколько пап (Иннокентий IV, Пий V и др.), а также католические философы – Альберт Великий (около 1200 – 1280 гг.) и Фома Аквинский (около 1225 – 1274 гг.). В 1231–1237 гг. по указанию Григория IX работает даже специальная комиссия для переложения учения Аристотеля на теологию. Покровительствуя развитию университетов, папа разрешил изучение Аристотеля, особенно в Парижском университете, за которым буллой «Parens scientiarum» (1231 г.) признал право на автономию и различные привилегии. В 1234 г. папа утвердил пять книг декреталий, дополнявших «Декрет» Грациана и составивших часть канонического свода католической церкви («Corpus juris canonici»), действовавшего до 1917 г. Буллой 1239 г. Григорий IX предписал всем правителям христианского мира изымать у евреев экземпляры Талмуда. В феврале 1231 г. папа распорядился, чтобы в землях церковного государства те еретики, кто были осуждены церковным судом, передавались светским властям для казни или тюремного содержания, а с 1233 г. закрепил повсеместное распространение инквизиции. Григорий IX канонизировал обоих основателей новых Орденов: 16 июля 1228 г. он провозгласил святым Франциска Ассизского (булла «Mira circa nos»), 3 июля 1234 г. – Доминика де Гусмана (булла «Fons sapientiae Verbum»). Также при нём были канонизированы Антоний Падуанский (3 июня 1232 г., булла «Cum dicat Dominus»), Елизавета Тюрингская (1 июня 1235 г., булла «Gloriosus in maiestate») и Зальцбургский епископ Виргил (18 июня 1233 г.). Руки Ватикана (теперь уже и вооружённые) тянутся и к Руси. В 1238 г. шведский король Эрик Эриксон (1223–1230 гг.) получает от папы благословение на Крестовый поход против Новгорода. Расходы на содержание огромной армии инквизиции покрывались за счёт конфискации имущества еретиков. Григорию IX приписывают введение в литургическую практику Римско-католической церкви звона колокольчиков во время возношения Святых Даров за мессой. Он был похоронен в базилике св. Петра. См. также ПАПА РИМСКИЙ