Все сочинения Григория Нисского исследователи делят на экзегетические («Толкование на Шестоднев», «Об устроении человека» и др.), догматико-полемические («Против Евномия», «Большой катехизис», «Опровержение мнений Аполлинария», «Против Аполлинария к Феофилу, епископу Александрийскому», «К Симпликию о вере», «Против язычников», «Диалог о душе и воскресении» и др.), гомилетические («Восемь бесед на Екклесиаста», «Пять бесед о молитве Господней», «Восемь бесед о блаженствах» и др.), нравственно-аскетические («О девстве», «О совершенстве», «Об истинном подвижничестве» и др.), агибиографические («О житии Макрины»), эпистолярные (26 писем). Среди его трудов исследователи особо отмечают «Большой катехизис», составленный не позже 385 г. На основании Священного Писания и доводов разума Григорий Нисский объяснил здесь учение о вере, о Святой Троице, о воплощении, искуплении, о таинствах Крещения и Евхаристии, о последней судьбе. Многие выдвинутые им положения были приняты церковью, но в целом его взгляды оказались слишком смелыми и необычными для того, чтобы быть признанными безоговорочно. Он и сам не притязал на отождествление своего учения с соборным учением церкви, считая его только одним из возможных вариантов истолкования Истины. Тринитарная догматика и христология Григория Нисского в общих чертах повторяет воззрения двух старших каппадокийцев. Его самостоятельность выразилась в слиянии, во-первых, общепринятых верований; во-вторых, из оригенизма; в-третьих, из мистической философии Филона Александрийского и неоплатоников. Юношеское увлечение Григория Нисского философией Оригена и неоплатоников наложило неизгладимый отпечаток на весь характер его богословия. Это заметно в его космологии (Шестоднев он предпочитал толковать аллегорически), сотериологии (см. Сотериология), эсхатологии (см. Эсхатология) и ангелологии. Но Григорий Нисский сумел быть философом и почитателем Оригена, оставаясь на почве церковного учения своего времени. Средством богопознания, согласно его учению, служит, во-первых, рассудочное заключение от свойств мира к свойствам его первопричины; во-вторых, созерцание собственной богоподобной души, после предварительного очищения её от пороков; в-третьих, экстаз как отрешение не только от чувств, но и от разума, во время которого душа непосредственно ощущает непознаваемость и необъятность Бога. Сущность Божья непознаваема, поэтому всякое понятие о ней, составленное человеком, есть «кумир». Но на основании проявлений Бога в мире мы познаем Его как самосущее Бытие, верховное Благо, первообраз Красоты. Как Благо и Красота Бог есть предмет томительного стремления к Нему всего живущего, всегда манящий к себе и всегда ускользающий от объятий любящей души (весь этот ряд мыслей носит следы влияния философии Филона Александрийского и неоплатоников). В понимании Григория Нисского Бог есть, прежде всего, полнота – полнота бытия, единственное подлинное бытие, единственное, что имеет бытие по своей природе. Он писал: «Нет ничего сущего в подлинном смысле, кроме превысшей всего сущности и причины всего, от которой всё зависит». Божество безгранично и беспредельно. Это выражается, прежде всего, в Его вечности и простоте. Божественная жизнь – едина, непрерывна сама в себе, беспредельна, вечна и ни с какой стороны не встречает препятствий ни в каком пределе. Бог есть полнота и источник всего – бытия и блага, и доброты. Бог – един и единственен; Он – самозаключённая и неразделённая монада, не изменяемая никакими прибавлениями. Вместе с тем полнота Божественной жизни открывается в тайне Троичности, единосущной и нераздельной. Троичность ипостасей не нарушает Божественного единства, различаемого, но не разделяемого. Ипостасной особенностью Отца Григорий Нисский считал Его нерождённость, Сына – Его единородность, Духа – Его третичность (что Он от Отца через Сына). Однако он подчёркивал, что по существу все ипостаси именуются равно Богом, между Ними нет первых и последних, младших и старших, они совершенно равнозначны.