После вторичного изгнания из Флавиньи Гуго опять нашёл убежище в Дижоне. По сообщению Лаврентия Верденского, Гуго, не получив поддержки из Рима, решил присоединиться к сторонникам императора, и это стало причиной его изгнания из монастыря Сен-Бенинь. Гуго вернулся в Верден, где примкнул к партии епископа Рихарда, ставленника императора Генриха V. В 1111 г., в период обострения отношений между императором и папой Пасхалием II, Рихард изгнал из Вердена аббата Лаврентия, сторонника папской партии, и поставил на его место Гуго. Однако, когда к 1115 г. наметилось улучшение отношений между папой и императором, епископ Рихард изгнал Гуго из Вердена и вернул Лаврентия. О дальнейшей судьбе Гуго достоверно неизвестно. Исследователи полагают, что Гуго был ещё жив в 1140 г. и провёл последние дни в монастыре Сен-Ван. Гуго прославился как историк. «Хронику» он начал писать в Лионе между 1090 и 1095 гг. В период настоятельства в Флавиньи её большая часть была уже написана. В распоряжении Гуго были архивы аббатств Сен-Ван, Сен-Бенинь, возможно, аббатства Клюни, а также архиепископский архив в Лионе и библиотека в Флавиньи. В первой книге «Хроники» Гуго использовал краткие сведения более ранних авторов, расположенные по годам от воплощения Сына Божия до смерти Оттона III с пасхалистическими указаниями (циклы, эпакты, конкурренты). Они не всегда соответствуют принятой в Риме Александрийской пасхалии, что свидетельствует о том, что Гуго заимствовал их из других источников (началом года у Гуго является 25 марта). Ему были известны сочинения почти всех христианских историков и хронистов, от Иеронима Стридонского до Флодоарда Реймсского и Рихера Реймсского, агиографические тексты, начиная с мученических актов и заканчивая поздними произведениями каролингской эпохи, «Этимология» Исидора Гиспальского, творения Григория I Великого, Беды Достопочтенного, Гинкмара Реймсского и многих других. В описании Святой земли он основывался на сведениях из Итинерария Антонина Плацентийского. Гуго был знаком с произведениями языческих писателей, особо отмечал сочинения Сенеки. Вторая книга «Хроники», посвящённая XI в., богата документами этого времени (папские буллы, императорские и королевские указы, выдержки из актов Соборов). Исследователи отмечают, что стиль Гуго весьма изощрённый, порой он вводит рифмованные окончания фраз. Тексту «Хроники» предшествует Некрологий аббатства Флавиньи, содержащий указания на дни кончины аббатов монастыря, епископов Отёнских, а также благотворителей аббатства Флавиньи. Завершает «Хронику» список аббатов Флавиньи с середины VIII в. с краткими сведениями о них.