В 1750 г. на средства княгини П.П. Шаховской была построена церковь во имя святых Захарии и Елисаветы, «за здравие» императрицы Елизаветы Петровны. По ведомости игуменьи Венедикты (Соколовой) 1763 г., в московском женском монастыре великомученика Георгия Победоносца проживали 23 монахини, 17 указниц и белиц, на которых ежегодно выдавалось жалованье 220 руб. 50 коп. Кроме того, при монастыре содержались семь офицеров и рядовых, которым выплачивалось жалованье (48 руб. 99 коп.) и выдавалось 33 четверти хлеба. В 1764 г. московский женский монастырь великомученика Георгия Победоносца был отнесён к третьему классу. В 1771 г., во время чумы, многие сёстры умерли, в 1773 г. в результате пожара сгорела 51 келья, кровли церквей, многие насельницы переселились в другие монастыри. В 1776 г., при игуменье Маврикии, здания были отремонтированы, построена ограда. В 1812 г., при вступлении в Москву армии Наполеона I, в московском женском монастыре великомученика Георгия Победоносца оставались игуменья Митрополия (Митрофания) с несколькими сёстрами. Спрятанное ими имущество было разграблено. По преданию, игуменья Митрополия, священник Иоанн Алексеев и его супруга «были бесчеловечно мучимы». Клирик с женой скончались, игуменья Митрополия впоследствии возглавила московский в честь зачатия святой Анной Пресвятой Богородицы женский монастырь. Сгорели все кельи, пострадали церкви, осенью 1812 г. московский женский монастырь великомученика Георгия Победоносца был упразднён, Георгиевский и Казанский храмы после ремонта стали приходскими. Сёстры переселились в женский монастырь Страстной иконы Божьей Матери. В Георгиевском храме сохранились реликвии монастыря: две парчовые, украшенные жемчугом ризы и рукописное Евангелие с миниатюрами XVI в. В 1820 г. на территории московского женского монастыря великомученика Георгия Победоносца были построены двухэтажные дома для церковно- и священнослужителей Благовещенского и Архангельского соборов Московского Кремля. В 1866 г. разобрана церковь святых Захарии и Елисаветы. В конце мая 1930 г. администрация Большого театра предложила снести Георгиевскую церковь и построить производственные мастерские. Реставраторы Центральных государственных ремонтных мастерских признали «разрушение памятника нецелесообразным при возможности его использования». С 1931 г. храмы были переданы таксомоторному парку, в 1935 г. разобраны. На их месте было построено четырёхэтажное здание школы №179. К 2005 г. кельи XVIII–XIX вв. (Георгиевский пер., д. 3-7/3; Большая Дмитровка, д. 3, 5) включены в список объектов, предложенных к постановке на государственную охрану в Москве. Монастырская икона великомученика Георгия находится в церкви Воскресения словущего на Успенском вражке (Брюсов пер., д. 15/2). В 1949 г., при строительстве школы на месте Георгиевского собора, В.Б. Гиршбергом была собрана первая большая (34 экз.) коллекция старомосковских надгробий XVI–XVIII вв., происходящих с одного кладбища. При раскопках Центра археологических исследований города Москвы в 1990 г. севернее Георгиевского собора были изучены погребения того же времени, и раскрыт подклет церкви святых Захарии и Елисаветы (1750 г.) с захоронениями ктиторов в надписных белокаменных саркофагах. Предметов ранее XVI в. на территории монастыря пока не обнаружено.