Судя по выявленной в раскопе стратиграфии, исследователи сделали вывод, что храм дважды разрушался (в конце X в. и в 1475 г.) и восстанавливался (в 1472 г. и в XVI в.). В конце IX в. в столице Готии Доросе и в соседней крепости, расположенной на плато Эски-Кермен, реконструировали сооружённые ещё в конце VI в. большие трёнефные базилики. На юго-восточном склоне Мангупа, как полагают исследователи, в начале X в. был возведён крестообразный храм площадью 9,25х11,40 м с тремя входами. Не раньше конца X в. к северной и южной ветвям креста пристроили две часовни, а к западному входу – притвор. В XI в. храм сгорел. Рядом находился христианский плитовый могильник. С Х в. новые храмы строились на Бакле на территории цитадели и посада. В примыкающей долине, в 600 м к югу от горы, археологи раскопали возведённые в конце IX в. однонефный с притвором и крестообразный храмы. По мнению исследователей, не раньше XI в. на плато Тепе-Кермен построили небольшую одноапсидную часовню. Датировка пещерных храмов в Инкермане, Шулдане, Качи-Кальоне и других местах является предметом оживлённой дискуссии: некоторые исследователи склонны относить к ранне - и средневизантийскому времени храмы на Тепе-Кермене, в Челтер-Кобе и на дороге на Эски-Кермен. Большее единодушие наблюдается в отношении поздневизантийских пещерных церквей инкерманских монастырей, Северного и Южного монастырей на Мангупе, монастыря Шулдан. Многие пещерные храмы в XIII -XV вв. были украшены фресками: роспись сохранилась в трёх храмах на Эски-Кермене и около него. Церковь (как полагают исследователи, св. Георгия), находившаяся на южном обрыве, была названа Успенской по композиции на северо-западной стене. На северо-восточной стене изображены великомученик Георгий и св. Арсений, левее – фрагменты Сретения и пророки, на потолке – Крещение и Рождество Христово, в апсиде – Мелисмос, в конхе – Деисус, над апсидой – Благовещение, в протезисе – Богородица. Роспись выполнена во второй половине XIII в. Церковь «Трёх всадников» была вырублена в отколовшейся от основного массива глыбе и находилась на территории раннесредневекового могильника. На её северной стене изображены в движении всадники в панцирях с развевающимися плащами, представляющие собой три ипостаси великомученика Георгия Победоносца: воина, спасителя из плена и змееборца. Надпись под фреской датирует её 1191–1292 гг. Храм «Донаторов» находится в верховьях балки Черкес-Кермен. В апсиде изображён Деисус и Мелисмос, в наосе – евангельские сцены, св. воины (в том чсле великомученик Феодор Стратилат (патрон церкви) со сценами мученичества), св. жёны, мученики-целители и преподобные (на арках и сводах), а также пять ктиторов: три мужчины и две женщины. Фрески первых двух храмов, по мнению исследователей, исполнены провинциальными художниками, фрески храма «Донаторов» принадлежат более мастеровитому художнику XIV в. В Бахчисарайском заповеднике хранятся отреставрированные Олегом Ивановичем Домбровским фрески из упомянутого выше храма, восстановленного в 1587 г. в деревне Бия-Сала, с изображением Деисуса и Мелисмоса.