Б. Губмайер, отвечая на вопросы, говорил, что он «никогда не объявлял себя безгрешным», не учил, что христиане должны уклоняться от государственной службы и защиты отечества и не могут владеть собственностью. Члены совета решили, что Б. Губмайеру надо публично отречься от своих взглядов на крещение, в противном случае он будет отправлен в Австрию. Отречение должно было состояться в воскресенье в церкви после проповеди У. Цвингли. Но, выслушав рекомендации членов совета, Б. Губмайер начал им объяснять, почему он не согласен с крещением младенцев. За это его отправили в тюрьму и подвергли пыткам. Спустя семь месяцев Б. Губмайер зачитал отречение в четырёх церквах Цюриха и получил разрешение покинуть город. Во время короткой остановки в Аугсбурге он повторно крестил Ганса Денка, а затем отправился в Моравию. В Никольсбурге (Микулове) благодаря толерантности правителя Моравии барона Л. фон Лихтенштейна нашли приют около 12 тысяч анабаптистов. По приглашению барона туда переехал из Цюриха издатель С. Зорг, который в дальнейшем печатал произведения Б. Губмайера. Первым было сочинение «Мнение древних и современных учителей Церкви о том, что дети не должны быть крещены до того, как получат научение в вере», в котором Б. Губмайер собрал в поддержку своего мнения цитаты из творений Оригена, Тертуллиана, Иеронима Стридонского, Афанасия Великого и др., а также М. Лютера, У. Цвингли, И. Эколампадия и В.Ф. Капито. Осенью 1526 г. была опубликована «Краткая апология», написанная Б. Губмайером по просьбе семьи фон Лихтенштейн, чтобы он мог защитить себя от обвинений, выдвинутых против него У. Цвингли и эрцгерцогом Фердинандом. В «Краткой апологии», в основном, говорится о том, что Б. Губмайер никогда не призывал к неповиновению светским властям, а учение, которое он проповедует, является не новым и «сектантским», а единым учением кафолической церкви, что подтверждалось большим количеством цитат из Библии. В этой же работе Б. Губмайер представил концепцию «трёх крещений»: первое, внутреннее, производимое в человеке Святым Духом; второе, водное, которое служит внешним выражением внутренних изменений; третье, крещение кровью, христианин принимает, когда он страдает за веру. В «Христианском катехизисе» (опубликован в 1527 г.) Б. Губмайер описывает крещение кровью как «ежедневное умерщвление плоти». В феврале 1527 г. эрцгерцог Фердинанд стал королём Чехии и вскоре потребовал от Л. фон Лихтенштейна выдать Б. Губмайера. Спустя некоторое время Б. Губмайер и его жена оказались в заключении в замке Кройценштайн под Веной, где находились до марта 1528 г. Здесь Б. Губмайер написал последнюю «Апологию», в которой пытался убедить власти, что его взгляды на свободу воли и спасение только верой полностью соответствуют вероучению Римско-католической церкви; особо он отметил, что никогда не разделял эсхатологические взгляды Ганса Гута. Тем не менее, Б. Губмайер был признан виновным в ереси и 10 марта 1528 г. в Вене после пыток на дыбе был предан публичной казни через сожжение. Жена Б. Губмайера была также признана виновной в ереси и три дня спустя была утоплена в реке Дунай.