С точки зрения Б. Губмайера, использование святой воды, свечей и священных изображений в церкви не имеет смысла, так же как и паломничества, а целибат клира может быть даже опасен; месса не жертвоприношение, а воспоминание о жертве Христовой, и она должна совершаться на родном языке прихожан (Б. Губмайер использовал термин «Kirchgenossen» – «товарищи по церкви»). Заканчивается работа фразой, которая стала девизом Б. Губмайера: «Истина бессмертна». В июле 1524 г. австрийское правительство отдало приказ атаковать Вальдсхут, в котором под руководством Б. Губмайера полным ходом шли реформы, и Б. Губмайеру пришлось бежать в швейцарский Шаффхаузен, где он провёл два месяца и написал работу «Еретики и те, кто их сжигают». В сочинении, адресованном «брату Антонию, викарию Констанца», Б. Губмайер выступал против преследования еретиков, даже если доказано, что они таковыми являются. Он считал, что эти люди нуждаются в мягком научении истинной вере, и что учение Христово никак не согласуется с призывом к сожжению еретиков, и пояснял, что «меч, принесённый Христом», – это «меч слова Божия», поэтому гражданские власти не имели права карать еретиков. В октябре 1524 г. Б. Губмайер вернулся в Вальдсхут, в январе следующего года женился на Элизабет Хёглин. Весной 1525 г. в город прибыл изгнанный из Цюриха анабаптист В. Рёблин; 14 апреля Б. Губмайер около 60 его единомышленников приняли от В. Рёблина повторное крещение, а к концу апреля анабаптистами стала большая часть городского совета и больше 300 горожан. В июле того же года Б. Губмайер опубликовал трактат «Свод христианской жизни», в котором писал, что человек должен понимать, что только при помощи Христа он сможет покаяться и обратиться к жизни по заповедям Его. По принятии решения следовать за Христом человек публично исповедует свою веру и крестится, и тогда он становится благовестником и обязан нести Евангелие миру, погрязшему в неверии и насилии. Особое место в трактате уделено описанию евхаристии как «пищи, данной в воспоминание о крови, пролитой Христом во спасение грешников». Присутствие Христа в евхаристии отрицается, т.к. Он «придёт только в час последнего Суда». В том же году в ответ на сочинение У. Цвингли «О крещении, перекрещивании и крещении младенцев» Б. Губмайер опубликовал трактат «О христианском крещении верующих», где более подробно изложил аргументы в пользу крещения по вере как единственной формы крещения, данной в Новом Завете. Слово Божье становится доступным через проповедь, затем услышанная благая весть производит в человеке изменения, необходимые для покаяния, и только после покаяния и исповедания веры становится возможным принятие крещения. В декабре 1525 г. Вальдсхут был захвачен австрийскими войсками, и тяжело больному Б. Губмайеру пришлось бежать в Цюрих. В городе его быстро обнаружил У. Цвингли, по его приказу Б. Губмайер был арестован, а затем предстал перед городским советом, где должен был доказать, что он не еретик.