В 824 г. Гортина была завоёвана и разрушена арабами, столицей острова стал Рабд-эль-Хандак (средневизантийский Хандакс, венецианская Кандия, современный Ираклио), основанный около 824–827 гг. Крит был возвращён в состав Византийской империи в 960–961 гг. императором Никифором II Фокой. Архиепископская кафедра была перенесена в Хандакс, но предстоятель Критской церкви продолжал носить титул «архиепископ Гортинский». В конце Х в. Критская архиепископия занимает десятое место (перед Коринфской, Сицилийской и Фессалоникийской архиепископиями) в списке митрополий Константинопольского патриархата. С 1204 г. остров находился под властью венецианцев. Избрание православного митрополита было запрещено. Несколько раз Константинопольскими патриархами предпринимались попытки назначить архиереев на Критскую кафедру, например, критян по происхождению Никифора Мосхопула (ум. в 1322 г.) и Анфима, митрополита Афинского (ум. в 1371 г.), однако они оставались титулярными архиереями. В это время резиденция латинского архиепископа находилась в Кандии. После османского завоевания Крита, в 1647 г., было разрешено избрание православных митрополитов, которые с 1700 г. носили титул «архиепископ Крита и всей Европы». До 1900 г. Гортина по-прежнему входила в митрополичий округ, только в 1725 г. Гортинская епархия была временно отделена от архиепископии Крита, и на её кафедру был поставлен епископ Григорий. При реорганизации епархий в соответствии с «Уставным законом Критской Церкви» (1900 г.) Гортинская епархия была включена в состав Аркадийской епископии. В 1961 г. она была переименована в Гортинскую и Аркадийскую епископию, а в 1962 г. возведена в ранг Гортинской и Аркадийской митрополии. Сохранились руины храма Аполлона (VII, IV вв. до н.э., II в. н.э.), святилища Исиды, Сераписа и Анубиса (I–II вв. н.э.), одеон (I в. н.э.), преторий, где находилась резиденция проконсула Крита (II в. н.э., перестроен в 381–383 гг.) и др. В VI–VII вв. была воздвигнута трёхнефная купольная базилика апостола Тита с тремя экседрами, служившими завершением восточного, северного и южного рукавов планового креста. Базилика была серьёзно повреждена в 824 г. и перестроена в Х в. Барельефы со стен этого храма находятся в Историческом музее города Ираклио. Однонефная базилика с баптистерием была построена на акрополе на месте святилища Аполлона. Церковь V в., представляющая собой триконх, по мнению исследователей, служила кафедральным собором до сооружения базилики апостола Тита. Сохранились фрагменты мозаичного пола. В 2 км к северу от Гортины расположен городок Айи-Дека, названный так в честь пострадавших в гонения императора Деция десяти Критских мучеников (память 23 декабря). Сохранилась трёхнефная церковь с гробницами мучеников (наиболее древней частью которой является нартекс).