В Григориевской церкви, у северной стены, над мощами Григория Пельшемского стояла рака. Её украшал шитый покров (середины XVI в.; Вологодский музей-заповедник), на котором святой изображён в рост, с прижатой к груди десницей и свитком в левой руке. Преподобный облачён в схиму с куколем на голове и в мантию. В 1810 г. была поставлена новая рака, обложенная медными чеканными посеребренными листами. 25 июня 1844 г., при строителе иеромонахе Анатолии, по благословению епископа Вологодского и Устюжского Иринарха (Попова) была установлена рака с деревянным балдахином, увенчанным короной и украшенным золочёной резьбой. На карнизе балдахина с четырёх сторон находились четыре круглые иконы с изображением некоторых событий из жизни святого. На раке хранился образ Григория Пельшемского в серебряной ризе, а также железные вериги, полумантия и кольчатая рубашка основателя монастыря. Григориевскую церковь украшали «древние» иконы Господа Вседержителя, Григория Пельшемского с житием, Усекновения главы Иоанна Предтечи с житием, Божьей Матери «Одигитрии», которая, по свидетельству А.Н. Муравьёва, особо почиталась окрестными жителями. В XIX в. в Богородицком храме «за правым клиросом» находился «весьма древний» образ Григория Пельшемского. Святой был изображён в монашеской мантии с открытой главой и с благословляющей правой рукой. В левой держал развёрнутый свиток со словами: «Молю вы, братия моя, елико в вас сила, подвизайтеся о своём спасении». С разрешения Святейшего Синода от 21 февраля 1866 г. эту икону в летнее время переносили крестным ходом в город Кадников и окрестные селения. В том же храме хранился деревянный трёхчастный складень (конец XVI – начало XVII вв.; Вологодский музей-заповедник). На средней части изображена икона Божьей Матери «Неопалимая Купина», на двух других – изображения, передающие песнь «Достойно есть», со словами, написанными вязью. В XIX в. в монастыре считалось, что складень пожертвовал Дионисий Глушицкий. Согласно описи, составленной в 1645 г., при игумене Герасиме I, в монастырской ризнице хранилось девять Миней месячных и Устав, написанные Григорием Пельшемским. По описи 1664 г. игумена Арсениева Комельского монастыря Иоасафа, в Григориевом Пельшемском монастыре находилось 12 икон с изображением Господских праздников, написанных Дионисием Глушицким. К концу XIX в. в ризнице Григориева Пельшемского монастыря хранились богослужебные сосуды, напрестольные Евангелия, три серебряных ковчега, три кадила, плащаница, а также покров на раку Григория Пельшемского на голубом атласе с изображением угодника. Библиотека насчитывала до 140 книг, в том числе две старопечатные – Минею Общую 1663 г. и Пентикостарион 1686 г. С 1808 по 1813 г. Вологодский епископ Евгений (Болховитинов) занимался в Григориевом Пельшемском монастыре составлением истории Вологодской епархии. По свидетельству современников, для этой цели в монастырь привозили «целые возы» архивных документов. В начале 1860 гг. при Григориевом Пельшемском монастыре было создано духовное училище, в котором обучалось около 30 мальчиков. По уровню экономического состояния Григориев Пельшемский монастырь принадлежал к числу средних, наравне с Арсениевым Комельским, Рабангским Преображенским, Катромским Никольским и некоторыми другими монастырями Вологодской земли.