В Минейной редакции и Редакции сборников сообщается, что святой заповедал братии не хоронить его тело, а, «влекуще за нозе», кинуть в болото. Но насельники перенесли мощи основателя в монастырь и похоронили в Богородицком храме, по правую сторону от алтаря. От мощей происходили исцеления. По мнению исследователей, канонизация преподобного состоялась в 1549 г. К 1450 г. в Григориевом Пельшемском монастыре проживали 13 насельников. По реформе 1764 г. Григориев Пельшемский монастыря был оставлен заштатным со строителем и шестью монахами, в 1833 г. в Григориевом Пельшемском монастыре проживали 30, в 1910 г. – 31, в конце 1918 г. – 29 насельников. До 1764 г. настоятелями Григориева Пельшемского монастыря были игумены, затем строители, в начале XX в. – архимандриты. После преподобного Григория Григориев Пельшемский монастырь возглавлял его любимый ученик иеромонах Александр. Игумен Иларион (середина XVI в.) находился в числе лиц, участвовавших по указу Московского митрополита Макария в 1560 г. в освидетельствовании мощей священномучеников Григория и Кассиана Авнежских. Игумен Серапион (упоминается в 1628, 1630 и 1641 гг.) служил также казначеем вологодского архиерейского дома. К 1830 г. Григориев Пельшемский монастырь пришёл в запустение. По свидетельству схимонаха Михаила (Чихачёва), монастырь «был настолько разорён и заброшен, что хотели его обратить в приходскую церковь». Немногочисленная братия отличалась «непристойностию в поведении..., ходили в церковь к службе подпоясанные красными кушаками, во время службы нюхали на клиросе табак и т.п.». 6 января 1832 г. Вологодский епископ Стефан (Романовский) назначил строителем Григориева Пельшемского монастыря иеромонаха Игнатия (Брянчанинова), который пытался «поднять на должную духовную высоту нравственную жизнь» братии, ввёл обязательную общую трапезу, запретил насельникам выходить за ограду монастыря без благословения. Друг Игнатия (Брянчанинова) послушник Михаил Чихачёв (впоследствии схимонах Михаил) организовал в Григориевом Пельшемском монастыре прекрасный церковный хор. В монастырь были привлечены крупные благотворители, в том числе Анна Алексеевна Орлова-Чесменская. 28 января 1833 г. иеромонах Игнатий был возведён в сан игумена, но 10 ноября того же года по состоянию здоровья переведён в Угрешский во имя святителя Николая Чудотворца монастырь. В 1888–1890 гг. строителем Григориева Пельшемского монастыря был иеромонах Антоний (Быстров; впоследствии архиепископ Архангельский, в 1931 г. замученный в тюрьме). Постройки Григориева Пельшемского монастыря до середины XVIII в. были деревянными, в 1612 г. пострадали при нашествии польско-литовских интервентов. Согласно переписной книге 1667 г., в Григориевом Пельшемском монастыре находились шатровый храм в честь Собора Пресвятой Богородицы, тёплая церковь в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи с трапезой, храм во имя Григория Пельшемского, две игуменские и семь братских келий, «книгохранительная», ризница, «поваренная» и хлебная кельи, два амбара, погреб. За оградой размещались «поварня квасная», кузница, три хлебных амбара, мельница на реке Пельшме.