Во время всенощных бдений приковывал себя цепью к потолку кельи, чтобы случайно не лечь на пол и не заснуть. Пищей ему служили сухой хлеб и вода, одеждой – власяница и ветхая монашеская ряса. Со временем святой «ископа езеро невелико окрест келии своей, и всади рыбы и древия на том островке, и обрете водный источник, и кладезь ископа» (Российская государственная библиотека). Слава о затворнике постепенно распространилась по всей Вологде. Однажды во время засухи Вологодский архиепископ с городским духовенством пришёл с крестным ходом в храм Святой Троицы, находившийся неподалёку от кельи Галактиона. По просьбе архиепископа святой вопреки своему обету покинул келью и пришёл на богослужение. Сильный дождь, пролившийся после службы, современники восприняли как Божью милость по молитвам святого. Галактион предсказал разорение Вологды в сентябре 1612 г. Незадолго до этого события святой повелел горожанам построить близ его кельи церковь в честь иконы Божьей Матери «Знамение», обещая заступничество Пресвятой Девы. Однако посадский человек Нечай Щелкунов, живший неподалёку от святого, стал говорить, что старец ради себя «восхоте творити пустынное строение», после его смерти храм запустеет, поэтому строительство принесёт «миру тщету и убыток» (Российская государственная библиотека). Храм тогда так и не построили, и пророчество святого вскоре сбылось. 22–25 сентября 1612 г. банда, отделившаяся от войска гетмана Яна Кароля Ходкевича, разгромила Вологду. Город был взят «изгоном» в то время, когда воеводы спали после долгой пирушки. По свидетельствам Дозорной книги посада города Вологды 1616–1617 гг., от «литовского разорения» погибли или «сошли безвестно» около 442 горожан-налогоплательщиков, ещё 67 были отмечены как «скитающиеся по миру». Келью преподобного, невзрачную и бедную, поначалу не тронули. Однако дочь Галактиона, пытаясь спастись у отца, привлекла внимание бандитов. Ворвавшись в келью, они жестоко избили затворника, через два дня он скончался и был похоронен неподалёку от своей кельи (иногда годом смерти Галактиона указывается 1611 или 1613). Однако время разорения Вологды точно известно по источникам. Запись о смерти Галактиона в 1612 есть и в «Вологодском летописце» Ивана Слободского (Полное собрание русских летописей). К 1627 г. над мощами святого стояла часовня, рядом – две кельи, в которых жили три старца. По прошению жителей Вологды, собиравшихся у могилы подвижника «и видяще от него бывающа чудеса различная много», Вологодский архиепископ Варлаам повелел воздвигнуть на этом месте деревянный храм в честь иконы Божьей Матери «Знамение» и «братство собрати» (Российская государственная библиотека) – так появился вологодский в честь Сошествия Святого Духа на апостолов мужской монастырь (Галактионова пустынь).