Политику Льва IX продолжил его преемник папа Виктор II, родственник Генриха III, со смертью которого 28 июля 1057 г. прервалась линия «немецких пап», и закончилось сотрудничество папского и императорского дворов. Новый папа Стефан IX оказывал покровительство своим друзьям-реформаторам: Пётр Дамиани стал кардиналом-епископом Остии, Гумберт – папским канцлером. В декабре 1058 г. реформаторская партия, лидерами которой были Пётр Дамиани, Гумберт и Гильдебранд, добилась избрания на Папский престол Николая II, при котором произошло углубление реформаторского курса. В конце 1050 гг. в кругах реформаторов зародилась идея глубокого обновления католической церкви и освобождения её от власти светских правителей. Этому предшествовал анализ неудач реформаторов в борьбе с симонией, подлинные корни которой виделись в нарушении канонической процедуры избрания священнослужителей – духовные должности распределялись государями и сеньорами, став в глазах мирян не более чем доходными местами. Главное бедствие для церкви, по мнению реформаторов, заключалось в узурпированном мирянами праве инвеституры, т.е. введения духовного лица в должность, а также в праве частной церкви. Новый папа добавил к установлениям папы Льва IX запрет светской инвеституры духовных лиц, издал декрет о выборах папы, направленный на ограничение светского вмешательства в выборы, и заключил договор с норманнами, который лёг в основу последующего сотрудничества Римских пап и норманнских герцогов. В августе 1059 г. при участии кардинала Гильдебранда были заключены Мельфийские соглашения с норманнскими герцогами – Ричардом Капуанским и Робертом Гвискаром, ставшими папскими вассалами. Ни декрет о выборах папы, ни соглашение с норманнами не носили антиимперского характера – ослабление власти германского императора в Италии было следствием малолетства германского короля Генриха IV, и папы воспользовались этим временным обстоятельством. В городах Италии, где симония и конкубинат священников были обычным явлением, григорианскую реформу поддерживали городские круги, настроенные более радикально, чем церковные. Так, в Милане папские легаты Пётр Дамиани и епископ Лукки Ансельм (впоследствии папа Александр II) обязали духовенство прекратить практику симонии и конкубината (сожительства) клириков, тем не менее, разрешив виновным сохранить церковные должности, однако в ответ в регионе развернулось движение патаренов, требовавших установления в городе общин апостольской жизни. В сентябре 1061 г. папой был избран Александр II, также принадлежавший к реформаторской партии. Германский двор не был извещён об этих выборах, тем самым были нарушены права императора на участие в выборах папы.