Во втором регистре, утраченном почти полностью, находились изображения ангелов (апостолов или 24 апокалиптических старцев, согласно разным гипотезам) в белых одеждах, созерцателей, адорантов и вестников теофании. Нижний регистр росписей заполняют семь символических композиций (восьмая утрачена), содержание которых остаётся для исследователей дискуссионным. Это – наиболее сохранившаяся часть мозаичного ансамбля: среди архитектурных кулис представлены 15 фигур орантов (ещё две сохранились фрагментарно). Они изображены попарно или по трое на фоне величественных экседр, фланкированных двухэтажными башнеобразными сооружениями. Фантастическая архитектура обнаруживает сходство с фасадами позднеантичных скальных гробниц Петры, воплотивших идею «священного дворца» как образа инобытия. Алтарные престолы с кивориями в экседрах, лежащие на престолах Евангелия и кресты создают образы живописных храмовых пространств, окружающих и продолжающих вовне реальное пространство храма. Введённые в эту символическую среду фигуры орантов характеризуют её как место молитвы, ассоциирующейся с богослужением в Небесном Иерусалиме – средоточием храмов и престолов. Вопрос об отождествлении орантов исследователи решают двояко: в них видят образы мучеников либо донаторов, заслуживших право моления в Небесном храме; все они имеют подписи с именами и обозначением рода деятельности (епископы, пресвитеры, врачи, воины). Указанные рядом названия месяцев позволяют сторонникам первой гипотезы интерпретировать их состав как иллюстрацию к церковному календарю. Однако подбор имён по месяцам неполный и выглядит случайным. Согласно другой версии, он был обусловлен реликвиями святых, находившихся в криптах под экседрами (открыты раскопками). Символика Небесного Иерусалима оспаривается некоторыми исследователями, которые видят здесь обобщённый образ храмового богослужения. В интерьере сохранились декоративные мозаики того же времени, покрывающие изнутри арки оконных проёмов и своды камер-ниш нижнего регистра. В них использованы мотивы коврового заполнения условных геометрических полей изображениями животных, растений, плодов, звёзд и т.п. Стиль исполнения мозаик отличается верностью эллинистическим живописным традициям, идеализацией и одухотворением образов. В конхе апсиды сохранилась фреска «Вознесение Христа», датируемая концом IX в. и обнаруживающая сходство с аналогичной мозаикой собора Святой Софии в Фессалонике.